GenomicDataCommons:提供对NCI Genomic Data Commons门户的R访问

时间:2024-05-22 02:36:40
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文件名称:GenomicDataCommons:提供对NCI Genomic Data Commons门户的R访问

文件大小:566KB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-05-22 02:36:40

data-science bioinformatics r genomics cancer

什么是GDC? 从: 美国国家癌症研究所(NCI)的基因组数据共享(GDC)是一个数据共享平台,可促进肿瘤学中的精准医学。 它不仅是数据库或工具; 它是一个可扩展的知识网络,支持癌症研究计划中基因组和临床数据的导入和标准化。 GDC包含NCI生成的一些最大和最全面的癌症基因组数据集的数据,包括癌症基因组图谱(TCGA)和产生有效疗法的治疗学应用研究(TARGET)。 这些数据集首次使用一组通用的生物信息学管道进行了统一,因此可以直接比较数据。 作为不断发展的癌症知识系统,GDC还使研究人员可以提交数据,并统一这些数据以导入GDC。 随着越来越多的研究人员将临床和基因组数据添加到GDC中,它将成为发现癌症分子基础的更强大工具,从而可能为患者提供更好的护理。 的,但是值得一看。 数据模型被编码为所谓的属性图。 节点代表诸如项目,案例,诊断,文件(各种)和注释之类的实体。 这些实体之间


【文件预览】:
GenomicDataCommons-master
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--------slicing.Rd(3KB)
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--------entity_name.Rd(865B)
--------response.Rd(1KB)
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--------available_expand.Rd(921B)
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--------testthat()
--------testthat.R(80B)
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----.Rbuildignore(170B)
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----GenomicDataCommons.Rproj(381B)
----R()
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--------gdc_token.R(2KB)
--------bulk_transfer.R(5KB)
--------mapping.R(2KB)
--------ids.R(2KB)
--------filters.R(5KB)
--------gdcdata.R(4KB)
--------readHTSeqFile.R(1KB)
--------slicing.R(4KB)
--------expand.R(2KB)
--------readDNAcopy.R(849B)
--------status.R(379B)
--------clinical.R(3KB)
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--------gdc_rnaseq.R(6KB)
--------response.R(7KB)
--------gdc-package.R(487B)
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--------entity_name.R(953B)
--------REST.R(4KB)
--------utilities.R(755B)
--------fields.R(5KB)
--------constants.R(2KB)
--------facets.R(1KB)
----NEWS(362B)
----DESCRIPTION(1001B)
----README.md(5KB)

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