文件名称：clinical_tcga:用于解析来自 TCGA 的临床元数据文件的库
文件大小：12KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-29 03:37:48
Ruby
临床_tcga 用于从 TCGA 解析元数据文件的库。 例子 需要两个文件作为输入：一个包含n 个样本 ID 的文件，另一个包含要提取的m 个临床特征； 和要使用的数据库（本地）。 还需要定义输出文件。 数据库应该是制表符分隔的文件。 create_clinical_matrix.rb -s samples.txt -f features.txt -d /path/to/db/Biotab/ -o outfile.csv 文件 outfile_mat.txt 将包含每个样本中每个特征的n x m矩阵，以便更简单地解析和分析。 如果 还包括一个 UUID 到条形码 ID 的转换工具。 单个 UUID 可以这样转换： convert_tcga_uuid.rb sample_uuid 或者多个 UUID 在作为文件提供时可以一次转换： convert_tcga_uuid.rb -f
【文件预览】：
clinical_tcga-master
----.gitignore(866B)
----bin()
--------convert_tcga_uuid.rb(2KB)
--------create_clinical_matrix.rb(2KB)
----README.md(1KB)
----lib()
--------clinical_tcga.rb(152B)
--------clinical_tcga()
----clinical_tcga.gemspec(425B)
----test()
--------test_convert_uuid.rb(1KB)
--------test_all.rb(120B)
--------test_clinical_metadata.rb(3KB)
--------load_helper.rb(56B)
--------test_helper.rb(192B)
--------test_retrieve_samples.rb(3KB)