文件名称：cnv-seq-wrapper:CNV-seq 的包装脚本
文件大小：20KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-16 18:44:34
Perl
该程序旨在成为使用 CNV-seq ( ) 分析多个 bam 的包装器。 cnvSeqWrapper.pl 运行 cnv-seq 命令来分析给定 bam 文件的所有可能的成对组合。 然后 getCnvSeqRegionsInCommon.pl 可以挖掘每个样本的调用以找到在 n 次分析中调用的区域。 安装/运行 您需要安装 samtools（最好是 1.0 或更高版本）。 下载 CNV-seq 包 ( ) 并安装 R 库（如果您还没有这样做的话）。 将 cnv-seq.pl 脚本放在与这些脚本相同的目录中，您应该很高兴。 运行 cnvSeqWrapper.pl 不带使用信息参数。 假设您使用的是人类基因组。 它将为每个包含输出文件的样本生成一个文件夹，并为每个比较生成一个文件夹 [sampleA_vs_sampleB]，其中包含一个扩展名为“.cnv.out”的输出文件，其中包
【文件预览】：
cnv-seq-wrapper-master
----cnvSeqWrapper.pl(8KB)
----lib()
--------SortGenomicCoordinates.pm(27KB)
--------SearchGenomicRegions.pm(21KB)
----README.md(1KB)
----getCnvSeqRegionsInCommon.pl(10KB)