文件名称：海藻
文件大小：12.06MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-07 22:55:32
Python
藻类勘探项目 我的藻类基因勘探项目。 当前协议 从预取中下载SRA 使用vdb-validate检查MD5 使用fastq-dump转换为FASTQ 下载一些基因组和注释 地图读取到基因组和注释 从头汇编（Trinity，如果不可映射） TransDecoder获得肽 蛋酒映射器注释 鲑鱼定量 DESeq2 Wald测试（RScript） 单端分支 多样化，快速注释 关于元数据文件 必须有4列： 所有文件均带有Bioproject ID的“ Bioproject”列 “运行”列-SRR运行-每个文件一个ID “版式”列-已配对或单个 以“ C_”开头的任意数量的处理列 以“ TC_”开头的任意数量的依从治疗 标头或数据中不允许有空格或破折号； 发布 0.1：从读取到汇编 0.2 ：（当前）带DESeq2的微分表达式（Wald / LRT测试） 0.3：（wip）多个注释源。
【文件预览】：
algae-main
----config()
--------config.yaml(969B)
----.RData(12.34MB)
----.Rhistory(15KB)
----LICENSE(1KB)
----algae2.Rproj(205B)
----.gitignore(147B)
----workflow()
--------Snakefile(21KB)
--------test.R(552B)
----README.md(2KB)
----scripts()
--------shell()
--------RScripts()
--------diffex()
----.snakemake()
--------log()