【文件属性】：
文件名称：海藻
文件大小：12.06MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-16 05:08:52
Python
藻类勘探项目
我的藻类基因勘探项目。
当前协议
从预取中下载SRA
使用vdb-validate检查MD5
使用fastq-dump转换为FASTQ
下载一些基因组和注释
地图读取到基因组和注释
从头汇编（Trinity，如果不可映射）
TransDecoder获得肽
蛋酒映射器注释
鲑鱼定量
DESeq2 Wald测试（RScript）
单端分支
多样化，快速注释
关于元数据文件
必须有4列：
所有文件均带有Bioproject ID的“ Bioproject”列
“运行”列-SRR运行-每个文件一个ID
“版式”列-已配对或单个
以“ C_”开头的任意数量的处理列
以“ TC_”开头的任意数量的依从治疗
标头或数据中不允许有空格或破折号；
发布
0.1：从读取到汇编
0.2 ：（当前）带DESeq2的微分表达式（Wald / LRT测试）
0.3：（wip）多个注释源。
【文件预览】：
algae-main
----config()
--------config.yaml(969B)
----.RData(12.34MB)
----.Rhistory(15KB)
----LICENSE(1KB)
----algae2.Rproj(205B)
----.gitignore(147B)
----workflow()
--------Snakefile(21KB)
--------test.R(552B)
----README.md(2KB)
----scripts()
--------shell()
--------RScripts()
--------diffex()
----.snakemake()
--------log()