文件名称：SparseAssembler:基于稀疏k-mer图的高效记忆基因组组装器
文件大小：1.1MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-31 14:27:43
C++
稀疏组装者 利用从头基因组组装中的稀疏性 该软件的基本命令： ./SparseAssembler g 10 k 51 LD 0 GS 200000000 NodeCovTh 1 EdgeCovTh 0 f frag_1.fastq f frag_2.fastq f frag_3.fastq＆ 对于内存使用情况，结果和比较： 参数： k：kmer大小，支持15〜127。 g：跳过的中间k-mer的数量，支持1-25。 f：单端FASTA / FASTQ读取。 应使用此参数独立输入多个输入。 GS：以bp为单位的基因组大小估计（用于内存预分配），如果可能，建议使用较大的值（例如〜3x基因组大小） NodeCovTh：杂散k-mers的覆盖阈值，支持0-16。 （默认为1） EdgeCovTh：虚假链接的覆盖范围阈值，支持0-16。 （默认为0） LD：加载保存的k-mer
【文件预览】：
SparseAssembler-master
----GraphSimplification.h(166KB)
----ReadsCorrection.h(42KB)
----compiled()
--------SparseAssembler(2.56MB)
----BasicDataStructure.h(17KB)
----LICENSE(34KB)
----BuildContigs.h(44KB)
----GraphConstruction.h(109KB)
----ScaffoldingDataStructure.h(334KB)
----SparseAssembler.cpp(54KB)
----README.md(1KB)
----ReadsOperation.h(155KB)