文件名称：lsh_scripts
文件大小：20.45MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-29 21:20:48
R
访问用于CONSULT基准测试的数据 该存储库包含摘要数据表和我们用来处理它们的脚本。 受控距离 包含针对每个CONSULT，Kraken-II，CLARK，CLARK-S和Bowtie的每个bin计算的召回和误报信息。 它是的输入，以生成图2a中所示的曲线。 包含用于工具性能比较的CONSULT，Kraken-II，CLARK，CLARK-S和Bowtie的运行时间和内存数据。 该表用作的输入，以生成图2b中所示的条形图。 新型基因组 包含针对默认数据库（针对GTken，TOL和Kraken和CONSULT工具的Bac / Arch Kraken数据库）使用默认参数搜索的每个GORG样本的匹配读取百分比。 它是在图3a上生成ECDF曲线的输入。 ， 和保持在变量设置下针对GTDB，TOL，Bac / Arch Kraken数据库查询的GORG数据集的平均召回率和假阳性值。 这些
【文件预览】：
lsh_scripts-main
----gorg.R(5KB)
----new_t1_sparse_vals.txt(3.48MB)
----roc_p4c0_stdTax.csv(387B)
----old()
--------t2_nodups_imbalance.txt(5KB)
--------tools_runtime_1030_in_paper.xlsx(10KB)
--------combined_horizontal_mitoZ_filt_unfilt_full.csv(11KB)
--------kmer_cnt_cmp_var_tag.R(3KB)
--------roc_p4c1.csv(386B)
--------combined_mitoZ_filt_unfilt_originalDanish_full.csv(244KB)
--------combo_t_vertical.csv(16.4MB)
--------roc_p3c0.csv(387B)
--------ROC_combo_3.pdf(6KB)
--------combined_gorg_v1_results_var_p.csv(8.5MB)
--------roc_p3c1.csv(389B)
--------ROC_combo_2.pdf(6KB)
--------lsh_gtdb_results_dros_queries.csv(1KB)
--------Tol_all_kmers_bin_comp_lsh_kraken_clark_clarkS_0914.xlsx(12KB)
--------combined_10M_FP_plants_results_var_p_var_c.csv(6KB)
--------ROC_combo.pdf(6KB)
--------roc_p4c0.csv(387B)
--------script_mito_heatmap_v1.R(11KB)
--------t2_imbalance.txt(5KB)
--------dros_distances.csv(56KB)
--------t0_nodups_imbalance.txt(1KB)
--------combined_10M_FP_plants_results.csv(5KB)
--------gorgQ_GTDB_var_p_var_c.R(4KB)
--------Tol_allkmers_bin_cmp_082620.R(8KB)
----script_dros_heatmap_v1.R(9KB)
----t2_nodups_imbalance.txt(5KB)
----tools_runtime_1030_in_paper.xlsx(10KB)
----Consult_v3.pptx(95KB)
----roc_p4c1.csv(385B)
----lsh_gtdb_p4c2_results_dros_queries.csv(1KB)
----roc_p3c0.csv(387B)
----combined_horizontal_mitoS_filt_unfilt_full.csv(10KB)
----new_t2_sparse_vals.txt(3.47MB)
----combined_gorg_v1_results_var_p_extended.csv(17.13MB)
----LICENSE(11KB)
----combined_mitoS_filt_unfilt_originalDanish_full.csv(221KB)
----table.R(418B)
----roc_p4c1_stdTax.csv(386B)
----consult_vs_kraken_matched_dif_hist.R(1000B)
----Tol_allkmers_bin_cmp_030721.R(5KB)
----combo_ROC.R(10KB)
----total_var_parameter_setting_1026.csv(2KB)
----tools_runtime_1014.R(4KB)
----kmer_cnt_cmp_var_tag_v2.R(6KB)
----dros_distances_updatedGTDB4.csv(93KB)
----ROC_kraken_std_vs_cust_tax.R(5KB)
----gorgQ_GTDB_var_p_var_c_v2.R(5KB)
----combined_10M_FP_plants_results_var_p_var_c_extended.csv(11KB)
----roc_p4c0.csv(387B)
----Consult_v3.pdf(37KB)
----compare_gorg_kraken_vs_lsh_matched.csv(1.57MB)
----script_mito_heatmap_v1.R(15KB)
----Tol_all_kmers_bin_comp_lsh_kraken_clark_clarkS_0914_customTax.xlsx(12KB)
----README.md(7KB)
----t0_nodups_imbalance.txt(1KB)
----roc_p3c0_stdTax.csv(387B)
----combined_gorg_v1_results.csv(8.24MB)
----new_t0_sparse_vals.txt(3.48MB)
----new_t3_sparse_vals.txt(3.47MB)