文件名称：香农代码的matlab-rarefactionCurve:稀疏曲线
文件大小：5KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-14 21:48:26
系统开源
香农代码的matlab 计算每个子样本的真实多样性 张伯超 计算特定样本组中每个子样本数（从1到样本总数）的真实多样性。 用法 -d name of database -s name of subject -f field of the columns used to separate data -g desired feature that needs to be calculated -t size threshold, lower bound clone size, see below 例如 bash rarefactionCurve.sh -d lp11 -s D207 -f tissue -g BM -t 20 将计算BM C 20克隆中随机选择的1到35个子样本的真实多样性，其中子样本随机选择10轮。 **注意：您将需要访问数据库的权限，并在security.cnf中替换您的用户名和密码。 ** 方法 实例 我们认为克隆大小是唯一突变的序列数与在单独的测序文库中发现的同一唯一序列的所有不同实例的总和。 我们将此杂种克隆大小度量称为“唯一序列实例”。 下限克隆大小 我们的假设
【文件预览】：
rarefactionCurve-master
----rarefactionCurve.sh(3KB)
----security.cnf(56B)
----drawRarefactionCurve.m(2KB)
----rarefactionCurve.py(4KB)
----README.md(2KB)