BEER:啤酒

时间:2024-03-29 03:42:07
【文件属性】:

文件名称:BEER:啤酒

文件大小:13.41MB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-03-29 03:42:07

scrna-seq umap batch-effects single-cell-analysis scatac-seq

BEER:用于单细胞数据的Batch EffEct Remover 环境:R BEER的最新版本: : 消息: 2021年3月(V0.1.9):Seurat 4.0.0的第一个版本 2021年2月(V0.1.8):Seurat 3.0.0的最新版本 2019年11月(v0.1.7):在“ .simple_combine(D1,D2,FILL = TRUE)”中,“ FILL”可以帮助用户保留仅在一种条件下表达的基因(用“ 0”填充矩阵)。 默认“ FILL”为FALSE 2019年7月(v0.1.6):当批次中的细胞数较小时,BEER可以自动调整“ GNUM” 2019年7月(v0.1.5):“ ComBat”用于替换“ ScaleData”的“回归”(ComBat快得多) 2019年7月(v0.1.4):用户可以提供需要删除的基因。 2019年7月(v0.1.3):用户


【文件预览】:
BEER-master
----SUP()
--------OLIGOGLIOMA_AC.txt(372B)
--------G2M.txt(322B)
--------G1S.txt(240B)
--------KEGG_Ribosome.txt(537B)
--------OLIGOGLIOMA_OC.txt(206B)
--------MOOTHA_MITOCHONDIA.txt(3KB)
--------OLIGOGLIOMA_STEM.txt(409B)
--------KEGG_CellCycle.txt(734B)
--------BHATTACHARYA_EMBRYONIC_STEM_CELL.txt(502B)
----LAB()
--------img()
--------BEER.lab.R(23KB)
--------OLD()
--------BEER_1.2.R(18KB)
--------tmp.R(3KB)
--------README.md(20KB)
----BEER.R(29KB)
----LICENSE(1KB)
----beer_bbknn.py(1KB)
----OLD()
--------BEER_Seurat2.3.4.R(17KB)
--------BEER_20210226_Seurat3.0.0.R(29KB)
--------BEER_20190627.R(19KB)
--------BEER_20190619.R(24KB)
--------BEER_Seurat3.R(18KB)
--------README.md(1B)
----README.md(24KB)
----DATA()
--------prepare_MBEER_data.R(2KB)
--------PLOT15.png(198KB)
--------PLOT3.png(7KB)
--------PLOT4.png(5KB)
--------PLOT7.png(5KB)
--------DIFF.png(397KB)
--------PLOT5.png(7KB)
--------demodata.zip(8.57MB)
--------PLOTE.png(20KB)
--------PLOT13.png(21KB)
--------CellCycle.txt(763B)
--------DIFF.pptx(40KB)
--------Vector_LOGO.png(99KB)
--------BP.png(510KB)
--------PLOT1.png(4KB)
--------PLOT11.png(236KB)
--------PLOT10.png(36KB)
--------PLOTEB.png(10KB)
--------CLUST1.png(22KB)
--------PLOT14.png(62KB)
--------BP.pptx(1.12MB)
--------BEER_LOGO.pptx(35KB)
--------PLOT2.png(7KB)
--------CLUST3.png(6KB)
--------PLOT8.png(6KB)
--------PLOT12.png(21KB)
--------PLOT9.png(11KB)
--------VECTOR_LOGO_NEW.png(23KB)
--------README.md(12B)
--------CLUST2.png(315KB)
--------TMP()
--------PLOT6.png(12KB)
--------BEER_LOGO.png(65KB)
----Benchmark()
--------go_revise.R(4KB)
--------go_reload.R(7KB)
--------go_test2.R(4KB)
--------go_initial.R(12KB)
--------go_sup.R(7KB)
--------go_BBKNN.R(3KB)
--------README.md(19B)

网友评论