文件名称：matlab滑动条代码-immuneTopography:在组织学图像中分析肿瘤浸润免疫细胞的形貌（QuPath/Matlab）
文件大小：761KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 19:06:06
系统开源
matlab滑动条码免疫地形图 这是什么？ 该存储库包含脚本，用于分析组织学图像中肿瘤浸润免疫细胞的形貌。 图像分析将使用QuPath v 0.1.2（qupath.github.io）完成，而所有下游分析将使用Matlab R2017b（Mathworks，Natick，MA，USA）完成。 该方法在eLife 2018中发表的论文“癌症相关免疫细胞拓扑图”中进行了描述。如果您重复使用任何代码，请引用该论文。 我该如何使用呢？ 该软件可能尚未准备好进行常规部署。 它是可用于研究项目的图像分析管道的一部分。 简而言之，完整的流程如下 获取肿瘤的组织切片并进行免疫染色 扫描幻灯片并将整个幻灯片图像加载到QuPath中 手动绘制肿瘤核心区域（标记为“ TU_CORE”）和外部侵入边缘（“ MARG_500_OUT”） 运行“ ./qupath_scripts”中提供的QuPath脚本 运行Matlab脚本以解析QuPath输出并执行进一步的分析。 依次运行脚本“ step_01”，“ step_02”等。 我如何获得帮助？ 如有任何疑问，请随时与作者联系。 有关QuPath的问题，请参见。