文件名称:matlab滑动条代码-immuneTopography:在组织学图像中分析肿瘤浸润免疫细胞的形貌(QuPath/Matlab)
文件大小:761KB
文件格式:ZIP
更新时间:2024-06-15 19:06:06
系统开源
matlab滑动条码免疫地形图 这是什么? 该存储库包含脚本,用于分析组织学图像中肿瘤浸润免疫细胞的形貌。 图像分析将使用QuPath v 0.1.2(qupath.github.io)完成,而所有下游分析将使用Matlab R2017b(Mathworks,Natick,MA,USA)完成。 该方法在eLife 2018中发表的论文“癌症相关免疫细胞拓扑图”中进行了描述。如果您重复使用任何代码,请引用该论文。 我该如何使用呢? 该软件可能尚未准备好进行常规部署。 它是可用于研究项目的图像分析管道的一部分。 简而言之,完整的流程如下 获取肿瘤的组织切片并进行免疫染色 扫描幻灯片并将整个幻灯片图像加载到QuPath中 手动绘制肿瘤核心区域(标记为“ TU_CORE”)和外部侵入边缘(“ MARG_500_OUT”) 运行“ ./qupath_scripts”中提供的QuPath脚本 运行Matlab脚本以解析QuPath输出并执行进一步的分析。 依次运行脚本“ step_01”,“ step_02”等。 我如何获得帮助? 如有任何疑问,请随时与作者联系。 有关QuPath的问题,请参见。