文件名称：Intercom
文件大小：673KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-08 18:28:36
R
InterCom-重建功能性单元间通信网络 重建给定单细胞RNA-seq数据集的功能性细胞间通信网络。 所需软件 R v3.5或更高 文字形状v1.6.0 ggplot2 v 3.3.0 stuRpkg v1.3 dplyr v0.8.5 doParallel v1.0.15 斯金格v1.4.0 plyr 1.8.6 igraph v1.2.5 矩阵v1.2-18 重塑2 v1.4.4 RSpectra v0.16-0 雪v0.4-3 taRifx v1.0.6.2 gtools v3.8.2 data.table v1.12.8 利斯特v0.4.6.1 运行对讲机 加载库后，可以通过单个命令调用完整的InterCom工作流程。 InterCom( data , anno.tbl , species , sigho
【文件预览】：
Intercom-main
----InterCom_R_package.Rproj(303B)
----NAMESPACE(474B)
----DESCRIPTION(730B)
----R()
--------main.R(14KB)
--------mainlib.R(31KB)
--------auxFuncs.R(2KB)
----LICENSE.md(18KB)
----README.md(3KB)
----data()
--------MOUSE_TF_TF_interactions.rda(44KB)
--------MOUSE_tf.db.rda(28KB)
--------HUMAN_Background_signaling_interactome.rda(205KB)
--------MOUSE_non_interface_TFs.rda(2KB)
--------HUMAN_Ligands.rda(2KB)
--------HUMAN_non_interface_TFs.rda(2KB)
--------HUMAN_LR.rda(16KB)
--------MOUSE_Receptors.rda(2KB)
--------MOUSE_Background_signaling_interactome.rda(208KB)
--------MOUSE_tfs.rda(5KB)
--------MOUSE_LR.rda(13KB)
--------HUMAN_intermediates.rda(17KB)
--------MOUSE_dummy.var.rda(99B)
--------HUMAN_Receptors.rda(2KB)
--------HUMAN_tfs.rda(5KB)
--------HUMAN_dummy.var.rda(101B)
--------HUMAN_tf.db.rda(33KB)
--------MOUSE_intermediates.rda(12KB)
--------MOUSE_Ligands.rda(1KB)
--------HUMAN_TF_TF_interactions.rda(48KB)
----man()
--------Background_signaling_interactome.Rd(352B)
--------path.prob.sum.Rd(732B)
--------intermediates.Rd(314B)
--------gene.coexp.Rd(746B)
--------Receptors.Rd(260B)
--------TF_TF_interactions.Rd(296B)
--------scoringFun.Rd(952B)
--------high_probability_intermediates.Rd(716B)
--------weight_probability.Rd(414B)
--------non_interface_TFs.Rd(292B)
--------InterCom.Rd(2KB)
--------get.gene.expr.Rd(665B)
--------get.cons.tfs.Rd(550B)
--------SigHotSpotter_pipeline.Rd(1KB)
--------Data_preprocessing.Rd(668B)
--------up_down_tfs.Rd(609B)
--------Markov_chain_stationary_distribution.Rd(530B)
--------product_path_weight.Rd(451B)
--------comp_score_tf.Rd(601B)
--------bool.data.Rd(530B)
--------Ligands.Rd(252B)
--------tf.db.Rd(256B)
--------spcal_path_weight.Rd(559B)
--------tfs.Rd(236B)
--------LR.Rd(284B)
--------compatability_score.Rd(575B)
--------dummy.var.Rd(270B)
--------integrate_sig_TF.Rd(842B)