文件名称：随机游走matlab代码-AggregateGeneFunctionPrediction:基于不同数据资源和算法的预测因子聚合进行基因功能预测
文件大小：23KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-01 20:45:55
系统开源
随机游走matlab代码#AggregateGeneFunctionPrediction 此代码由 Wim Verleyen 在冷泉港实验室的 Gillis 实验室设计。 聚合数据资源和算法的基因功能预测。 此代码用于发布的生成结果。 ##Scikit-learn 中使用了六种现成的算法： 逻辑回归 随机森林 随机梯度下降 被动攻击 带重启的随机游走 邻居投票（因协会而有罪） ##Gene Ontology Code 加载基因标识符、GO 术语标识符和 GO 术语注释矩阵的 Matlab 矩阵/向量。 ##Model ###Plot 性能指标的代码 ###MySQL 查询的数据库代码 基因网络分析中的可复制性 用于基因网络分析中的可复制性分析基于不同的公开可用数据资源，即蛋白质-蛋白质相互作用、生物途径、共享蛋白质结构域、疾病注释以及来自微阵列和 RNA Seq 实验的表达谱。 用于计算性能和聚合预测器可重复性的模拟代码可以在 中找到。
【文件预览】：
AggregateGeneFunctionPrediction-master
----Replicability()
--------replicability.py(8KB)
----NeighborVoting()
--------neighborVoting.py(6KB)
----LogisticRegression()
--------logisticRegression.py(11KB)
----RWR()
--------RWR.py(7KB)
----SGD()
--------stochasticGradientDescent.py(8KB)
----PassiveAggressive()
--------passiveAggressive.py(7KB)
----GeneOntology()
--------GO.py(1KB)
----RandomForest()
--------randomForest.py(7KB)
----README.md(1KB)
----Model()
--------Plot()
--------Database()