文件名称：MANTA2:MANTA版本2.0
文件大小：3.96MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-17 19:03:29
Python
MANTA2 所述M为ongoDB效应的T ranscription因子AN alysis（TF）结合位点（TFBS）甲lterations（敏达）最初在2015年创建的研究调控突变的B细胞淋巴瘤的影响 数据库的第二个版本MANTA2通过结合和谱中的ChIP-seq区域以及在这些TFBS上所有可能的单核苷酸变体（SNV）的潜在影响评分，存储了在人类基因组中预测的TFBS。 具体来说，它对225个TF的TFBS预测超过4800万，覆盖了约8％的人类基因组（ ）。 可用性：由Wasserman实验室托管的MANTA2数据库可以通过专用的进行访问，并且可以从下载MongoDB转储。 引用方法： Fornes等人。 MANTA2，Mongo数据库的更新，用于分析转录因子结合位点的变化。 科学数据5：180141 doi： （2018）。 内容 该存储库的组织方式如下： examples
【文件预览】：
MANTA2-master
----.gitignore(18B)
----manta2()
--------setup.py(179B)
--------manta2()
--------MANIFEST.in(101B)
--------README.md(223B)
----snv_computation()
--------compute_snv_impacts_launcher_allalt.sh(2KB)
--------format_bed_for_allalt.sh(451B)
--------raven_scoring_snv_noalt_htt_tfbsrange_search_serial_allalt.pl(32KB)
--------README.md(868B)
--------littleprogramrange(34KB)
--------format_for_allalt.py(2KB)
--------test()
----examples()
--------get_VCF_example.sh(603B)
----README.md(7KB)
----validation()
--------MANTA2.out(3.23MB)
--------makeBED.py(1KB)
--------data_frame.csv(111KB)
--------coordinates.hg38.liftOver.bed(832KB)
--------README.md(1KB)
--------evaluation.png(354KB)
--------evaluation.svg(237KB)
--------gkw691_Supp()
--------coordinates.hg19.bed(832KB)
--------evaluate.py(4KB)
--------ASB.hg38.liftOver.bed(901KB)
----jaspar2remap()
--------get_tfbs_predictions.sh(839B)
--------pwm_searchPFF(18KB)
--------pwm_search.h(5KB)
--------sort_bed.sh(868B)
--------encode_datasets_for_manta.txt(56KB)
--------sequence_scoring_pwm.sh(4KB)
--------geo_datasets_for_manta.txt(177KB)
--------sort_bed_simple.sh(544B)
--------aggregate_datasets.R(901B)
--------README.md(4KB)
--------get_intersection_tfbs.sh(3KB)
--------copy_folders_based_on_file.sh(1KB)
--------sort_launcher.sh(870B)
----search_manta2.py(40B)