cuda-bwt:CUDA Burrows-Wheeler 变换

时间:2024-07-18 05:57:25
【文件属性】:

文件名称:cuda-bwt:CUDA Burrows-Wheeler 变换

文件大小:9.71MB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-07-18 05:57:25

Cuda

CUDA 的 Burrows-Wheeler 变换 (BWT) 概要 Burrows-Wheeler 变换构成了 bzip2 压缩算法的核心。 原始可通过 DEC 从 HP 实验室获得。 从本质上讲,这是一种对一组数据进行排序以揭示使数据更容易压缩的模式的非常聪明的方法。 这个实现是我在完成本科学位时参与的一个项目。 它是为海报会议完成的,它在该类别中获胜。 我将其部分归功于具有视觉吸引力的海报(包含在 repo 中),部分归功于我顽强的意志向任何进行眼神交流的人解释这种转变。 在中小型块 (~1MB) 上它的性能超过现代 CPU 需要花费大量的工作,但它在大于 2 或 3 MB 的块上完全破坏了 CPU。 事实上,我发现它可以处理非常非常大的块,因为它可以将旋转切分成桶。 代码 ###Background 我最初尝试了一种天真的方法,将经典指针指向旋转的排序,但在 GPU 上失败了。 我


【文件预览】:
cuda-bwt-master
----verifier.h(9KB)
----bucket.h(2KB)
----Buckets.cuh(3KB)
----LICENSE(34KB)
----timers.cuh(667B)
----poster.pdf(9.73MB)
----cuda-bwt.cu(12KB)
----.gitignore(242B)
----README.md(6KB)
----WalkMatches.cuh(3KB)
----BuildMatches.cuh(3KB)
----InnerWalkMatches.cuh(3KB)
----CalcPushPositions.cuh(2KB)
----DoPush.cuh(1KB)

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