文件名称：wfmash:使用WFA和mashmap2进行碱基精确的DNA序列比对
文件大小：2.51MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-26 08:12:20
C++
wfmash 一种基于mash距离和波前比对算法的DNA序列读取作图仪。 wfmash是一个叉 ，使用工具基层对准 ，经由瓷砖波前全局比对算法。 它使用高性能的比对模块完善了MashMap，该模块能够计算非常大的序列的基本水平比对。 过程 每个查询序列分为-s[N], --segment-length=[N]定义的非重叠部分。 然后使用MashMap的滑动minhash映射算法和后续的过滤步骤来映射这些段。 为了减少内存，临时文件用于存储初始映射。 然后，使用wflign的波前开始算法，将每个映射位置用作对齐目标。 结果对齐方式在cg:Z:*标记中始终包含扩展的CIGAR。 可以使用-m, --approx-map获得近似映射（与带有块长度过滤器的MashMap2等效）。 草图绘制，映射和对齐均使用可配置数量的线程并行运行。 必须使用-t手动设置线程数，默认为1。 用法 已经开