文件名称：align:执行全局和局部序列比对
文件大小：5KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-22 07:54:18
C
对齐 执行序列比对。 对齐既可以是全局的也可以是局部的，也可以是相互的或不相互的。 介绍 align是一个Python模块，可提供全局和局部序列比对的常规实现（阅读：不限于生物信息学）。 对齐可以进一步是相互的和非相互的。 相互比对是序列比对，其中两个序列都是缺口插入的候选者，而非相互比对仅允许缺口插入第二序列。 它以C语言实现以提高速度，并与Cython封装在一起，以简化Python的使用。 使用的算法是Needleman-Wunsch（用于全局对齐）和Smith-Waterman（用于局部对齐）。 align使用一个对称的numpy.ndarray作为得分矩阵，该矩阵必须为numpy.int16 。 它还支持迭代比对（将一个序列与另一个已经包含缺口的序列进行比对）。 要使用此功能，评分矩阵的形状必须为（257，257），最后一行和最后一列用于对固定间隙和字母符号的匹配项进行评分。
【文件预览】：
align-master
----setup.py(644B)
----.gitignore(303B)
----LICENSE.md(1KB)
----calign.c(4KB)
----README.md(2KB)
----align.pyx(2KB)
----calign.pxd(290B)
----calign.h(334B)