文件名称：HerculesToolKit:“使繁重的'组学'工作更加轻松的脚本集合”
文件大小：646KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-11 04:59:49
HTML
Hercules工具包 该存储库包含一组脚本，这些脚本使繁重的“组学”工作变得更加轻松。 所有脚本都带有注释，以供调试之用-以及将来的参考。 这些脚本将在特定Linux环境（在本例中为SUN Grid Engine背景下的CentOS7系统）的上下文中运行。 因此，我们已经在CentOS7，OS X El Capitan（版本10.11。[x]）和macOS Sierra（版本10.12。[x]）上测试了fastQTLToolKit。 脚本清单 checkPerlModules.pl 测试版。 目的：检查系统上某些Perl模块的可用性。 将安装不存在的那些，并更新存在的那些。 IMPUTE2DOSAGE 存在两个脚本（ convert_impute2dosage.pl和convert_impute2dosage.sh ），可以将IMPUTE2导出的* .gen文件转换为PLINK样
【文件预览】：
HerculesToolKit-master
----removedupes.pl(5KB)
----_rstats_installers()
--------RStats_MR_v1.r(4KB)
--------RStats_GENETICS_v1.r(7KB)
--------RStats_DNAm_v1.r(5KB)
--------rupdater.sh(3KB)
--------RStats_OMICS_v1.r(10KB)
--------RStats_GENERAL_v1.r(8KB)
--------RStats_ADVANCED_v1.r(6KB)
--------RStats_Updater_v1.r(4KB)
--------.DS_Store(6KB)
----_sample_file_creator()
--------var_selection.txt(272B)
--------usethisfile.sample(387KB)
--------sample_file_creator.R(10KB)
----README.md(4KB)
----convert_impute2dosage.pl(6KB)
----convert_impute2pedmap.py(7KB)
----parseTable.pl(4KB)
----_intheworks()
--------make_readable.pl(820B)
--------metaanalyzer.R(35KB)
--------checkPerlModules.pl(5KB)
----gitupdater.sh(6KB)
----dropDupes.py(975B)
----BASIC_R_SCRIPT.R(8KB)
----mergeTables.pl(9KB)
----_utilities()
--------getlines.py(380B)
--------wordfreq.pl(3KB)
--------HTMLList.pl(3KB)
--------convertCRLF.pl(115B)
--------prep_mac4science.sh(5KB)
--------HTMLTable.pl(3KB)
--------merge.pl(15KB)
--------cleanup.pl(26KB)
--------rename_seqno.sh(1KB)
--------csv2html.pl(7KB)
--------pivot.pl(6KB)
--------csv2tab.pl(8KB)
--------checkmd5sum.sh(2KB)
--------domath.pl(3KB)
----_genetics()
--------Statistics_QCb36b37.R(9KB)
--------plot_af.r(2KB)
--------Statistics_priortoSAMPLE_QC_additionals.R(3KB)
--------Statistics_SAMPLE_QC.R(6KB)
--------plot_info_and_af_for_imputed_chrs.r(3KB)
--------Statistics_priortoSAMPLE_QC.R(7KB)
----BASIC_RMD_SCRIPT.nb.html(1.09MB)
----numberoffields.pl(4KB)
----_archived()
--------convert.minimac3.conf(3KB)
--------convert.minimac3.sh(11KB)
--------check_mich_imp.sh(30KB)
--------baselinetable.R(26KB)
--------.DS_Store(6KB)
----overlap.pl(6KB)
----convert_impute2dosage.sh(8KB)
----monitor.sh(570B)
----BASIC_RMD_SCRIPT.Rmd(26KB)
----variant.extraction.sh(6KB)
----_imputation()
--------mich_imp_prep.sh(32KB)
--------convert.Minimac3ToOxford.py(6KB)
----.DS_Store(8KB)
----BASIC_BASH_SCRIPT.sh(8KB)
----BASIC_PERL_SCRIPT.pl(6KB)
----uniquefy.pl(302B)