文件名称：cancer_api:用于处理和存储癌症基因组数据和元数据的Python框架和API
文件大小：29KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-09 11:35:36
Python
Cancer_api 用于癌症基因组学的Python框架和API Cancer_api是一个Python软件包，用于提供用于处理和存储癌症基因组数据和元数据的框架和API。 这包括一个雄心勃勃的项目，目的是将癌症基因组学中的常见任务整合到一个易于使用的程序包中。 这是一个正在进行的工作。 当我添加和删除功能以最大程度地提高设计的实用性和优雅性时，API很可能会发生变化。 因此，您可能要等到v1.0。 描述 本质上，该软件包由一组Python类组成，这些类用于对癌症基因组学研究中遇到的实体进行建模。 这包括患者，样本，各种突变类型以及这些突变的影响，仅举几例。 而且，这些模型建立在SQLAlchemy的基础上，该模型可以轻松地使用数据库后端来存储所有这些数据和元数据。 各个实体之间的许多关系（例如与患者有关的样本，与突变有关的效应）之间的许多关系已经由cancer_api处理，因此用户不
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cancer_api-master
----requirements.txt(18B)
----.travis.yml(470B)
----LICENSE(1KB)
----HISTORY.md(2KB)
----setup.py(892B)
----README.md(3KB)
----tests()
--------mutations_tests.py(5KB)
--------__init__.py(0B)
--------misc_tests.py(3KB)
--------tests_setup.py(457B)
----.gitignore(767B)
----cancer_api()
--------effects.py(2KB)
--------exceptions.py(517B)
--------misc.py(2KB)
--------metadata.py(1KB)
--------annotations.py(2KB)
--------mutations.py(5KB)
--------base.py(17KB)
--------utils.py(2KB)
--------__init__.py(285B)
--------files.py(3KB)
--------connections.py(1KB)
--------parsers.py(8KB)
----bin()
--------load_annotations.py(18KB)
--------README.md(370B)
--------convert_files.py(3KB)