文件名称：TESSA：映射TCR曲目的功能范围
文件大小：26.38MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-02 20:54:21
R
泰莎 介绍 Tessa是将T细胞受体（TCR）序列分析与T细胞转录组整合的贝叶斯模型。 通过最近开发的同时提供每个T细胞的TCR序列和RNA序列的单细胞测序技术，Tessa绘制了TCR谱库的功能图谱，并产生了理解人类对疾病的免疫React的见识。 作为tessa的第一部分，在贝叶斯算法之前采用BriseisEncoder来捕获TCR序列特征并创建数值嵌入。 有关更多详细信息，请参阅我们的论文： ，Zhang，Z.，Xiong D.，Wang，X.等。 2021。 寻找更多生物信息学工具的研究人员，请访问我们的实验室网站： : 。 使用说明 tessa算法在python和R中实现。我们建议用户使用Linux shell命令执行python脚本。 依存关系 Python（版本3.6.4），R（版本3.5.1以上），Linux（x86_64-redhat-linux-gn）Shell（4
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TESSA-1.3.0
----tessa_dependencies.txt(8KB)
----example_data()
--------result_meta_example_fig.png(649KB)
--------embedding_example_fig.png(821KB)
--------fixed_b.csv(570B)
--------example_exp.csv(5.35MB)
--------exp_example_fig.png(470KB)
--------example_TCRembedding.csv(168KB)
--------result_tessa_final_example.RData(20.97MB)
--------result_meta_example.csv(17KB)
--------meta_example_fig.png(512KB)
--------example_TCRmeta.csv(30KB)
----Tessa_main.py(3KB)
----Tessa_released_data()
--------Kidney-bulkRNA.csv(6.43MB)
--------Kidney-scRNA.csv(170KB)
----README.md(13KB)
----BriseisEncoder()
--------Sup. Fig. 1.pdf(2.73MB)
--------exampleCMD.sh(172B)
--------BriseisEncoder.py(6KB)
--------Atchley_factors.csv(763B)
--------TrainedEncoder.h5(447KB)
--------OutputAccTest.py(4KB)
----Tessa()
--------update.R(7KB)
--------post_analysis.R(5KB)
--------initialization.R(4KB)
--------simulation.R(4KB)
--------MCMC_control.R(3KB)
--------utility.R(374B)
--------real_data.R(2KB)