文件名称：集合体：基于CWL的PacBio和Illumina数据自动生物信息学工作流程
文件大小：384KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-07 04:17:03
Perl
基于CWL的工作流来组装非模型生物的单倍体/二倍体真核生物基因组 该工作流程旨在使用PacBio的长读和Illumina的短读。 该工作流程首先提取，校正，修剪和净化长阅读。 然后将去污的修剪后的读数用于组装基因组，并使用原始读数来对其进行修饰。 接下来，将Illumina的读数清洗并用于进一步抛光所得组件。 最后，使用推断的重复序列对抛光的组件进行遮罩，并消除单倍型。 该工作流程使用BioConda和DockerHub安装所需的软件，因此是完全自动化的。 除最终装配外，工作流程还会在抛光步骤之前和之后产生中间装配。 工作流遵循CWL v1.0的语法。 依存关系 程式 可以使用或实现来运行管道，而可以使用或来运行。 克伦威尔实施 参考实施 管理员必须在服务器范围内安装奇点软件包 Udocker软件包可以在本地安装 数据 安装 使用安装脚本installConda.sh安装minic