文件名称：bam-readcount:计算 BAM 文件中的 DNA 序列读数
文件大小：18.15MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-08-24 11:38:59
CMake
bam-readcount
bam-readcount在BAM或CRAM文件上运行，并在单个核苷酸位置生成指标。 这些指标可用于滤除误报变异调用。
对于支持，请上尽可能多的关于最常见的问题bam-readcount已经有回答。
建造
需要 C++ 工具链和cmake 。 有关详细信息，请参阅 。
mkdir build
cd build
cmake ..
make
# Executable is
bin/bam-readcount
用法
不带参数运行命令行帮助：
$ bam-readcount
Usage: bam-readcount [OPTIONS]
【文件预览】：
bam-readcount-master
----.gitignore(315B)
----version()
--------version.h.in(193B)
----src()
--------exe()
--------lib()
----integration-test()
--------testdata.py.in(46B)
--------bam-readcount_test.py(5KB)
--------CMakeLists.txt(175B)
----test-data()
--------expected_insertion_centric_per_lib(2KB)
--------test_bad_rg.bam.bai(6KB)
--------cram_site_test.sh(89B)
--------expected_all_lib(794B)
--------rand1k.fa(1KB)
--------expected_per_lib(2KB)
--------ref.fa(10.19MB)
--------test.bam(136KB)
--------rand1k.fa.fai(20B)
--------expected_insertion_centric_all_lib(794B)
--------twolib.sorted.cram.crai(42B)
--------site_list(42B)
--------ref.fa.fai(20B)
--------test_bad_rg.bam(136KB)
--------twolib.sorted.cram(1KB)
--------test.bam.bai(6KB)
--------twolib_site_list.txt(13B)
----LICENSE(1KB)
----.gitmodules(96B)
----.github()
--------workflows()
----debian()
--------postinst.in(1KB)
--------prerm.in(1KB)
----PackageInfo.cmake(1KB)
----README.md(6KB)
----cmake()
--------BuildBoost.cmake(1KB)
--------BuildSamtools.cmake(5KB)
--------CodeCoverage.cmake(28KB)
----vendor()
--------Makefile.disable_curl.patch(1KB)
--------bzip2-1.0.8.tar.gz(791KB)
--------mbedtls-2.16.4-apache.tgz(2.57MB)
--------curl-7.67.0.tar.gz(3.88MB)
--------xz-5.2.4.tar.gz(1.5MB)
--------zlib-1.2.11.tar.gz(593KB)
--------README.md(933B)
--------samtools-1.10.tar.bz2(4.5MB)
--------boost-1.55-bamrc.tar.gz(2.97MB)
----BUILD.md(1KB)
----build-common()
--------.gitignore(6B)
--------bin()
--------resources()
--------LICENSE.txt(1KB)
--------README.md(141B)
--------python()
--------cmake()
--------vendor()
----test()
--------lib()
----CMakeLists.txt(2KB)
----docker()
--------Dockerfile(1KB)
--------README.md(415B)