文件名称：dockviz:与py3dmol和Streamlit对接可视化
文件大小：466KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-25 05:00:47
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与streamlit和py3dmol对接策展 查看 请参阅以获取动力。 脱口秀 这是一款精简的应用程序，可在进行体外测试之前以可视化的方式对接匹配进行可视化，以进行手动管理。 您可能会使用它来确定对接命中的排名列表的优先级，以便您只花钱购买具有成功结合靶标的最佳机会的配体。 在该测试情况下，5个示例配体已与D4受体对接，其晶体结构5WIU结合了nemonapride。 配体是从的公共数据集中提取的。 Smina用于对接，而obabel用于与pdbqt / pdb进行文件转换。 假设您已安装run_smina.ipynb则可以在run_smina.ipynb完成对接。 如何使用 加载应用程序，然后选择是否使用描述药效基团的注释（这些注释可能会有所帮助，但有时会很混乱）。 输入一个从0到4（含0和4）的数字，然后按Enter加载对接的配体姿势之一。 您如何判断命中的可能性取决于您;） 如何适
【文件预览】：
dockviz-main
----stApp.py(6KB)
----conda_channels.txt(19B)
----mol.png(10KB)
----run_smina.ipynb(14KB)
----LICENSE(1KB)
----requirements.txt(25B)
----conda.txt(43B)
----.gitignore(2KB)
----#files#(11B)
----README.md~(1KB)
----README.md(2KB)
----files()
--------1.pdbqt(3KB)
--------0.pdbqt(3KB)
--------3.pdbqt(3KB)
--------5wiu.pdb(538KB)
--------2.pdb(5KB)
--------5WIU-CAC.pdbqt(3KB)
--------0.pdb(4KB)
--------5WIU-receptor.pdb(464KB)
--------4.pdbqt(3KB)
--------5WIU-receptor.pdbqt(245KB)
--------1.pdb(4KB)
--------5WIU-CAC.pdb(3KB)
--------4.pdb(5KB)
--------2.pdbqt(3KB)
--------3.pdb(5KB)
----.gitattributes(66B)
----viz.html(482KB)