文件名称：self-assembling-manifold:自组装歧管（SAM）算法
文件大小：20.04MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-07 19:09:07
JupyterNotebook
自组装歧管-SAM版本0.8.5 自组装歧管（SAM）算法。 SAM现在在Scanpy上！ import scanpy as sc import scanpy.external as sce #returns the SAM object if `inplace=True` and (SAM,AnnData) otherwise sam = sce.tl.sam(adata, inplace=True) #adata is your AnnData object 要求 numpy scipy pandas scikit-learn umap-learn numba anndata 可选依赖项 交互式GUI（Jupyter笔记本） plotly==4.0.0 ipythonwidgets jupyter colorlover ipyevents 情节 mat
【文件预览】：
self-assembling-manifold-master
----setup.py(1KB)
----.travis.yml(420B)
----.travis_before_install.sh(362B)
----sc_schisto_review_data()
--------download_links.txt(314B)
----LICENSE.txt(1KB)
----Docker()
--------Dockerfile(2KB)
--------build_image.sh(149B)
--------run_image.sh(372B)
----README.md(6KB)
----samgui.png(89KB)
----example_data()
--------schisto3.5_tpm.csv.gz(6.66MB)
--------schisto2.5_tpm.csv.gz(7.27MB)
--------darmanis_ann.csv(14KB)
--------darmanis_data.csv.gz(3.28MB)
----tutorial()
--------.ipynb_checkpoints()
--------SAM_Batch()
--------SAM_Structure()
--------SAM_Plotting()
--------quickstart_guide.ipynb(34KB)
--------SAM_Functions()
--------SAM_IO()
--------SAM_Parameters()
----samalg()
--------utilities.py(11KB)
--------__init__.py(64KB)
--------gui.py(71KB)
----.travis_install.sh(621B)
----test()
--------test_sam.py(622B)
----.travis_test.sh(369B)