文件名称：scrnaseq:正在开发中
文件大小：21.53MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-18 07:13:40
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目录 标记基因和差异表达基因 学分 引文 介绍 scrnaseq是用于单细胞RNA序列分析的生物信息学分析工作流程。 该工作流基于Seurat，并包含其他可视化效果，表格和文档，以更好地理解分析。 该工作流程支持使用10X Genomics和SmartSeq-2处理的一个或多个样品的RNA测序数据。 消息 （2021-03-04） 我们再次更新了主代码分支（请参阅＃67 ， ＃68和＃76 ）。 最大的变化是： 引入了在任何感兴趣的细胞组之间鉴定差异表达基因的可能性，然后进行功能富集分析（ ＃45 ） 更新了自述文件并改进了文档（ ＃60 ） 数字导出为png和pdf（ ＃62 ） 修复了错误（ ＃63 ， ＃65和＃69 ） 更新的前工作流程 排序的参数块（ ＃72 ） 更新了点图的颜色方案（ ＃64 ） 请继续关注，我们将很快创建我们的第一个代码版本！ 工作流程摘
【文件预览】：
scrnaseq-master
----scrnaseq_hto.html(1.7MB)
----README.html(654KB)
----LICENSE(1KB)
----scrnaseq.html(11.4MB)
----.gitignore(221B)
----scrnaseq.Rmd(118KB)
----test_datasets()
--------10x_pbmc_1k_healthyDonor_v3Chemistry()
--------10x_pbmc_5k_protein()
--------10x_SmartSeq2_pbmc_GSE132044()
--------10x_pbmc_hto_GSE108313()
----R()
--------functions_io.R(36KB)
--------functions_degs.R(33KB)
--------functions_util.R(29KB)
--------functions_analysis.R(14KB)
--------functions_plotting.R(12KB)
----R_style_guide.txt(726B)
----README.md(29KB)
----scripts()
--------apply_hto_for_cellranger_aggregate.R(7KB)
--------run_scrnaseq_hto.R(9KB)
----scrnaseq_hto.Rmd(27KB)