文件名称：ad2vcf:将SAM流中的等位基因深度信息添加到VCF文件中
文件大小：20KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-29 00:26:02
C
ad2vcf ad2vdf从SAM流中提取等位基因深度信息，并将其添加到相应的单样本VCF文件中。 通过stdin读取SAM输入，并将VCF输入文件作为命令行参数。 这允许使用管道以并行方式进行昂贵的BAM / CRAM解码： samtools view -@ 2 --input-fmt-option required_fields=0x218 \ ../SRR6990379/NWD102903.b38.irc.v1.cram \ | ./ad2vcf file.vcf ad2vcf完全用C编写，并尝试优化CPU，内存和磁盘访问。 它不会将大量数据吸入RAM，因此内存使用非常简单，并且主要从缓存运行，因此速度非常快。 在现代化的工作站或服务器上，通过SRA项目处理的具有人类基因组比对的大型CRAM文件大约需要20分钟。 为了使之成为可能，SAM和VCF输入都必须首先按染色体
【文件预览】：
ad2vcf-master
----benchmark(878B)
----make-protos(127B)
----Test()
--------test-bad-chr.sam(3KB)
--------test-bad-chr.vcf(136B)
--------test.vcf(136B)
--------test-ad-correct.vcf(206B)
--------test-bad-pos.sam(3KB)
--------test-bad-pos.vcf(136B)
--------test.sam(6KB)
--------run-test.sh(957B)
----ad2vcf.c(27KB)
----ad2vcf.1(2KB)
----ad2vcf-protos.h(1KB)
----LICENSE(1KB)
----Examples()
--------ad2vcf.sbatch(550B)
----.gitignore(54B)
----ad2vcf.h(3KB)
----Makefile(6KB)
----README.md(2KB)
----Makefile.depend(213B)
----clang-profile(325B)