文件名称：parallel-fastq-dump:并行fastq-dump包装器
文件大小：5KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 04:13:40
bioinformatics Python
并行fastq转储 并行fastq-dump包装器 为什么和如何 即使您已经拥有更快的资源（网络，IO，CPU），即使您已经下载了sra文件，NCBI fastq-dump有时也会非常慢。 该工具通过将工作划分为多个线程来加快过程。 这是可能的，因为fastq-dump具有选项（ -N和-X ）来查询fastq-dump文件的特定范围，此工具的工作方式是将工作划分为请求的线程数，并行运行多个fastq-dump并连接结果返回一起，就好像您刚刚执行了普通的fastq-dump调用一样。 提示 使用fastq-dump下载很慢，即使有多个线程，也建议在使用fastq-dump之前使用prefetch来下载目标fastq-dump文件，这样fastq-dump将只需要进行转储。 所有其他参数将直接传递给fastq-dump ，-- --gzip ，-- --split-files和过滤器按预
【文件预览】：
parallel-fastq-dump-master
----.gitignore(16B)
----README.rst(2KB)
----LICENSE(1KB)
----parallel-fastq-dump(6KB)
----setup.py(756B)