文件名称：kmer-cnt:快速简单的k-mer计数器的代码示例，用于指导教学
文件大小：47KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-04 12:23:07
bioinformatics genomics k-mer-counting C++
入门 git clone https://github.com/lh3/kmer-cnt cd kmer-cnt make # C++11 required to compile the two C++ implementations wget https://github.com/lh3/kmer-cnt/releases/download/v0.1/M_abscessus_HiSeq_10M.fa.gz ./yak-count M_abscessus_HiSeq_10M.fa.gz > kc-c4.out 介绍 K-mer计数是许多作图者，组装者和其他工具（例如基因分型仪，宏基因组学分析仪等）的基础。 它是生物信息学中最重要的算法类别之一。 在这里，我们将实现基本的k-mer计数算法，但具有高级工程技巧。 我们将看到更好的工程技术可以走多远。 在此仓库中，每个{kc,yak}-*.
【文件预览】：
kmer-cnt-master
----.gitignore(22B)
----Makefile(888B)
----kthread.c(4KB)
----kc-cpp1.cpp(2KB)
----kc-cpp2.cpp(2KB)
----khashl.h(14KB)
----kc-c2.c(4KB)
----kc-c4.c(7KB)
----kc-c1.c(3KB)
----kc-py1.py(945B)
----LICENSE.txt(1KB)
----README.md(7KB)
----kthread.h(291B)
----yak-count.c(13KB)
----robin_hood.h(75KB)
----kseq.h(9KB)
----kc-c3.c(5KB)
----ketopt.h(4KB)