文件名称：minigraph:概念验证序列图映射器和图生成器
文件大小：395KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-23 19:41:08
bioinformatics genomics genome-graph sequence-alignment pan-genome
入门 git clone https://github.com/lh3/minigraph cd minigraph && make # Map sequence to sequence, similar to minimap2 without base alignment ./minigraph test/MT-human.fa test/MT-orangA.fa > out.paf # Map sequence to graph ./minigraph test/MT.gfa test/MT-orangA.fa > out.gaf # Incremental graph generation (-l10k necessary for this toy example) ./minigraph -xggs -l10k test/MT.gfa test/MT-chimp.fa test/M
【文件预览】：
minigraph-master
----mgpriv.h(5KB)
----kseq.h(9KB)
----gfa-io.c(12KB)
----algo.h(761B)
----khash.h(21KB)
----algo.c(5KB)
----fastcmp.c(3KB)
----shortk.c(11KB)
----gfa-bbl.c(10KB)
----ksort.h(5KB)
----sketch.c(5KB)
----LICENSE.txt(1KB)
----tex()
--------minigraph.bib(27KB)
--------minigraph.tex(51KB)
--------plots()
--------Makefile(279B)
----kalloc.h(2KB)
----sys.c(4KB)
----ketopt.h(4KB)
----NEWS.md(6KB)
----gfa-aug.c(9KB)
----gfa-base.c(14KB)
----asm-call.c(5KB)
----bseq.h(2KB)
----cal_cov.c(5KB)
----ksw2_extd2_sse.c(17KB)
----gfa-priv.h(4KB)
----map-algo.c(11KB)
----krmq.h(16KB)
----kvec.h(3KB)
----doc()
--------example2.png(106KB)
--------examples.graffle(28KB)
--------example1.png(72KB)
----bseq.c(3KB)
----format.c(8KB)
----.travis.yml(135B)
----kstring.h(4KB)
----gchain1.c(16KB)
----gmap.c(7KB)
----test()
--------MT-human.fa(16KB)
--------MT.gfa(18KB)
--------MT-orangA.fa(16KB)
--------MT-chimp.fa(16KB)
----gfa.h(4KB)
----README.md(9KB)
----Makefile(2KB)
----ggen.c(5KB)
----misc.c(237B)
----lchain.c(13KB)
----kalloc.c(7KB)
----kavl.h(13KB)
----sys.h(244B)
----ggsimple.c(12KB)
----index.c(5KB)
----misc()
--------mgutils.js(28KB)
--------anno-bb.js(6KB)
----.gitignore(38B)
----minigraph.1(9KB)
----kthread.h(291B)
----kthread.c(4KB)
----ksw2.h(8KB)
----options.c(4KB)
----gcmisc.c(7KB)
----minigraph.h(4KB)
----ggen.h(557B)
----main.c(13KB)