文件名称：COVID19_CFR_submission:复制CFR分析以提交论文所需的所有脚本的存储库
文件大小：1.02MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-09 21:55:16
R
COVID19_CFR_submission 在论文，重复分析所需的所有脚本的存储库。 此存储库中的所有代码均可免费获得，并根据MIT许可发布（请参阅LICENSE文件） 如何运行代码 该存储库中的代码是用编写的，为了方便起见，它使用了以及一些其他软件包。对于刚开始使用R的用户，请查看软件包，有关如何使用软件包的更多信息，请查阅。 我们建议从RStudio中打开“ COVID19_CFR_submission.Rproj”开始，这将确保正确设置工作目录。 R_scripts文件夹中包含运行分析所需的各种脚本。这些脚本是由多位作者编写的，因此脚本之间的样式和实现有所不同，但是通常这些脚本会在脚本顶部安装/加载任何必需的软件包和功能，然后脚本主体进行主要分析和任何输出都将保存到“输出”文件夹中。 复制表2中的参数分析所需的脚本以“ run_mcmc_cfr”开头，并且可以按任何顺序运行。这些脚
【文件预览】：
COVID19_CFR_submission-master
----R_scripts()
--------diamond_princess_tidied.R(2KB)
--------casefat.R(3KB)
--------run_mcmc_cfr_subset_local.R(6KB)
--------utils_CFR.R(35KB)
--------run_casefat.R(10KB)
--------cfr_age_2_fit_model.R(6KB)
--------run_mcmc_onset_to_recovery.R(4KB)
--------process_mcmc_data.R(753B)
--------simulate_delays_cfr_tidied.R(4KB)
--------cfr_age_3_output_summary.R(17KB)
--------utils_casefat.R(8KB)
--------cfr_age_1_process_data.R(10KB)
--------run_mcmc_cfr_subset_age.R(6KB)
--------run_mcmc_cfr_all.R(5KB)
----data()
--------who_mission_confirmed_and_clinical_diagnosis_onset_data.csv(1KB)
--------deaths_integrated_with_linelist_17feb.csv(10KB)
--------test_dates_dp.csv(2KB)
--------china_population_demography.csv(698B)
--------repat_flights.csv(9KB)
--------20200225-184311-23838f15.exported_cases_cleaned.csv(815KB)
--------summary_by_country_cleaned.csv(3KB)
----output()
--------summary_cfr_under60.csv(283B)
--------.DS_Store(6KB)
--------summary_cfr_local.csv(279B)
--------data_international_processed_mcmc.csv(55KB)
--------summary_otr.csv(162B)
--------summary_cfr_nonlocal.csv(282B)
--------summary_cfr_60orover.csv(282B)
--------summary_cfr_all.csv(281B)
----LICENSE(1KB)
----.DS_Store(6KB)
----.gitignore(40B)
----README.md(2KB)
----COVID19_CFR_submission.Rproj(205B)
----source()
--------functions_data.R(2KB)
--------functions_utils.R(1KB)
--------mcmc_summary.R(674B)
--------utils_CFR.R(11KB)
--------functions_mcmc_likelihoods.R(9KB)
--------mcmc_and_likelihood_functions.R(5KB)
----Severity_FINAL_preprint.pdf(991KB)