文件名称：Seurat-to-RNA-Velocity:将Seurat对象与RNA Velocity结合使用的指南
文件大小：211KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 13:41:05
kallisto seurat bustools anndata rna-velocity
苏拉特对RNA的速度 罗勒·库德（Basil Khuder） 介绍 本指南将演示如何结合RNA Velocity分析使用已处理/标准化的Seurat对象。 请记住，尽管Seurat是基于R的，但是所有可用的RNA Velocity软件/软件包都是Python，因此我们将在两者之间来回移动。 我们将使用以下程序： scVelo （用于RNA速度） Velocyto或Kallisto Bustools （产生我们最初的RNA Velocity Object） Anndata （用于操纵我们的RNA Velocity对象） 苏拉特 Samtools-可选（Velocyto将在未排序的.bam上运行Samtools排序） 生成Loom文件 首先，我们将为您在Seurat分析中使用的每个单细胞样本生成织机文件（一种为基因组数据集（例如单细胞）设计的文件格式）。 织机文件不同于您在Seura
【文件预览】：
Seurat-to-RNA-Velocity-master
----loom_file.png(249KB)
----readme.MD(9KB)