【文件属性】：
文件名称：fedup：用户定义途径的富集和耗尽的费舍尔测试
文件大小：1.79MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-21 16:15:42
enrichment network pathways geneset-enrichment depletion
˚Fisher的试验üSER-规定的P值athways电子nrichment和d epletion
fedup是一个R包，它使用Fisher精确测试来测试用户定义路径的富集和耗尽。 该方法设计用于多种途径注释格式（例如gmt，txt，xlsx），以允许用户对自定义注释进行途径分析。 该软件包还与Cytoscape集成在一起，以提供基于网络的途径可视化，从而增强了结果的可解释性。
内容
入门
系统先决条件
R版本≥4.1 R包：
CRAN ：openxlsx，tibble，dplyr，data.table，ggplot2，ggthemes，forcats，RColorBrewer
Bioconductor的：RCy3
安装
通过devtools安装fedup ：
devtools :: install_github( " rosscm/fedup " , quiet = TRUE )
【文件预览】：
fedup-main
----.github()
--------ISSUE_TEMPLATE()
--------.gitignore(7B)
--------workflows()
----vignettes()
--------fedupGuide.rmd(7KB)
--------figures()
----NAMESPACE(703B)
----NEWS.md(68B)
----DESCRIPTION(1KB)
----inst()
--------extdata()
----R()
--------data.R(1KB)
--------fedup.R(5KB)
--------pathways.R(4KB)
--------plot.R(3KB)
--------femap.R(4KB)
----.travis.yml(351B)
----.Rbuildignore(134B)
----FEDUP.Rproj(413B)
----LICENSE(1KB)
----README.md(11KB)
----data()
--------backgroundGene.rda(28KB)
--------pathwaysTXT.rda(12KB)
--------pathwaysGMT.rda(131KB)
--------testGene.rda(776B)
--------pathwaysXLSX.rda(12KB)
----man()
--------pathwaysXLSX.Rd(480B)
--------pathwaysGMT.Rd(622B)
--------figures()
--------writePathways.Rd(700B)
--------plotFemap.Rd(2KB)
--------backgroundGene.Rd(423B)
--------readPathways.Rd(2KB)
--------runFedup.Rd(1KB)
--------plotDotPlot.Rd(2KB)
--------pathwaysTXT.Rd(474B)
--------writeFemap.Rd(1KB)
--------testGene.Rd(396B)
----tests()
--------testthat()
--------testthat.R(54B)
----.gitignore(748B)
----data-raw()
--------genes.R(549B)
--------pathwaysTXT.R(435B)
--------pathwaysGMT.R(388B)
--------pathwaysXLSX.R(458B)
----README.Rmd(6KB)