文件名称：gwaR:R函数的集合，用于对拟南芥进行下游GWAS分析
文件大小：191KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-09 13:50:29
gwas r arabidopsis-thaliana R
关于GWAR 瓜尔 R函数的集合进行拟南芥的下游GWAS分析。 关于 该软件包提供了用于快速分析GWAS表的功能。 默认情况下，此软件包与用于变体表的1001genomes API交互，但也可以处理本地SNPmatrix（需要为fst格式）。 注释是从软件包安装时从biomart获取的，并且应为TAIR10。 总体思路是能够拥有一个集成了通常通过访问不同网站并尝试收集和整理信息来执行的任务的程序包。 该软件包没有提供新的类，但是包含SNP信息（染色体，位置，p值）的表需要符合期望。 有些包装程序可以导入csv文件以匹配所需的格式。 该包装是管道友好的。 安装 devtools :: install_github( " Gregor-Mendel-Institute/gwaR " ) library( gwaR ) 例子 此处的示例使用生成的数据 数据输入 这里需要其他软件包： libra
【文件预览】：
gwaR-master
----gwar_doc_files()
--------figure-gfm()
----NAMESPACE(666B)
----DESCRIPTION(1KB)
----R()
--------gwar.R(45KB)
--------GWAS_functions.old(66KB)
----.Rbuildignore(28B)
----LICENSE(1KB)
----README.md(17KB)
----gwaR.Rproj(356B)
----data()
--------accessions.csv(6KB)
--------example_limix.csv(26KB)
----man()
--------plot_acc_map.Rd(779B)
--------get_accessions.Rd(971B)
--------polymorph_impact.Rd(1KB)
--------phenotype_by_snp.Rd(2KB)
--------mine_gene.Rd(425B)
--------get_expression.Rd(546B)
--------plot_gwas.Rd(2KB)
--------araGenes.Rd(351B)
--------format_gwas.Rd(590B)
--------snp_linkage.Rd(2KB)
--------get_phenotype.Rd(905B)
--------limix500rows.Rd(485B)
--------expression_by_snp.Rd(1KB)
--------araGenome.Rd(321B)
--------get_nearest_genes.Rd(827B)
--------get_overlapping_genes.Rd(929B)
--------sequenced_accessions.Rd(400B)
--------linkage_phenotypes.Rd(2KB)
--------read_limix.Rd(746B)
----.gitignore(40B)