pypdb:RCSB蛋白质数据库(PDB)的Python API

时间:2021-04-30 14:58:41
【文件属性】:
文件名称:pypdb:RCSB蛋白质数据库(PDB)的Python API
文件大小:49KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-04-30 14:58:41
proteins pdb protein-data-bank protein-structure protein-sequences PyPDB 使用RCSB蛋白质数据库(PDB)执行搜索的Python 3工具箱。 这可用于对符合各种条件的PDB ID执行高级搜索,以及查找与特定PDB ID相关的信息。 该工具允许在Python脚本中执行可以在PDB网站中执行的标准操作(BLAST,PFAM查找等)。 每个函数及其相关输出的示例可以在找到。 如果您将此模块用于任何已发表的作品,请考虑引用随附的论文 Gilpin, W. "PyPDB: A Python API for the Protein Data Bank." Bioinformatics, Oxford Journals, 2015. 截至2020年11月,为了适应RCSB PDB API的更改并扩展功能,pypdb正在进行大量重构。 对于此过程中发生的任何重大变化,我们深表歉意。 pypdb的先前版本可; 但是,它将不再对更改的RCSB API起
【文件预览】:
pypdb-master
----demos()
--------demos.ipynb(40KB)
----LICENSE(1KB)
----devtools()
--------conda-recipe()
----setup.cfg(39B)
----setup.py(748B)
----README.md(3KB)
----pypdb()
--------pypdb.py(33KB)
--------__init__.py(49B)
--------util()
--------clients()
--------conftest.py(57B)
----MANIFEST(77B)
----tests()
--------test_pypdb.py(2KB)
----.gitignore(968B)

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