文件名称：gatk4-data-processing:使用GATK4和相关工具处理高通量测序数据以进行变体发现的工作流程
文件大小：11KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-21 11:20:39
wdl
gatk4-数据处理 目的 ： 使用GATK4和相关工具处理高通量测序数据以进行变体发现的工作流程。 处理变量发现gatk4： 处理变异发现gatk4 WDL管道根据实施数据预处理。 工作流将未映射的BAM列表文件（包含未映射的bam文件的路径的文本文件）作为输入，以执行预处理任务，例如映射，标记重复项和基础重新校准。 它生成单个BAM文件及其索引，适用于使用Haplotypecaller之类的工具进行。 如果您从FASTQ文件开始，请访问存储库，以获取将FASTQ转换为未映射BAMS的工作流。 使用GATK的最新版本，变体发现处理gatk4为序列数据提供了快速而通用的处理。 如果用户对带有质量控制任务的此工作流程的更详细版本感兴趣，并定期进行有效性测试（在生产环境中有用），请访问信息库。 处理变异发现gatk4的BAM输出可用于执行各种其他分析，例如体细胞短变种发现，种系短变种
【文件预览】：
gatk4-data-processing-master
----processing-for-variant-discovery-gatk4.wdl(22KB)
----README.md(4KB)
----processing-for-variant-discovery-gatk4.b37.wgs.inputs.json(2KB)
----LICENSE(1KB)
----.dockstore.yml(324B)
----generic.google-papi.options.json(134B)
----processing-for-variant-discovery-gatk4.hg38.wgs.inputs.json(2KB)