文件名称：mem:标记富集建模（MEM）
文件大小：40.63MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-01 14:17:18
HTML
MEM v3 标记富集建模（MEM）是一种用于计算富集得分的工具。 MEM生成人和机器可读的标签，以量化样本中丰富的特征。 MEM的经典用途是识别多个细胞群体，并将每个群体与原始样品中的所有其他剩余细胞进行比较。 MEM富集得分的范围从+10（意味着大大丰富）到0（意味着没有丰富）到-10（意味着非常缺乏）。 MEM得分是通过两个基本统计量（中位数和四分位间距）建立的，MEM的输出可以表示为得分的热图，其中行是每个总体，列是测量特征。 此信息也可以用紧凑的标签表示，其中首先列出了最丰富的功能。 入门 MEM是为可能没有R经验的生物学用户设计的，此代码库具有并安装脚本和示例脚本，这些脚本和示例脚本显示了MEM与三个示例数据集的不同用法。 这些说明将专注于帮助生物学家用户。 首先，请确保您已安装最新的R和RStudio。 然后下载此存储库并在RStudio中打开00_install_too
【文件预览】：
mem-master
----.gitignore(40B)
----NAMESPACE(401B)
----intro.txt(3KB)
----vignettes()
--------Intro_to_Marker_Enrichment_Modeling_Analysis.Rmd(13KB)
----installing.txt(1KB)
----R()
--------rename_markers.R(762B)
--------create_labels.R(2KB)
--------MEM_function.R(9KB)
--------add_fileID_to_clusterID.R(365B)
--------MEM_RMSD.R(6KB)
--------format_data.R(628B)
--------choose_reference_pop.R(1KB)
--------choose_markers.R(795B)
--------create_labels_txt.R(2KB)
--------get_files.R(1KB)
--------add_cluster_ID.R(220B)
--------IQR_thresh.R(706B)
--------zero_reference.R(376B)
--------build_heatmaps.R(13KB)
----data()
--------MEM_values.RData(6KB)
--------PBMC.RData(4.2MB)
--------MEM_matrix.Rdata(2KB)
----pdfs()
--------nihms912131.pdf(3.02MB)
--------nihms-838883.pdf(1.83MB)
----.Rbuildignore(28B)
----06_polarized_myeloid_example.Rmd(8KB)
----EULA-MEM.txt(12KB)
----00_install_tools.Rmd(5KB)
----01_cGVHD_example.Rmd(10KB)
----02_bead_example.Rmd(6KB)
----man()
--------MEM_values.Rd(2KB)
--------PBMC.Rd(3KB)
--------MEM_RMSD.Rd(3KB)
--------MEM.Rd(8KB)
--------build.heatmaps.Rd(3KB)
----02_bead_example.html(1017KB)
----README.md(6KB)
----01_cGVHD_example.html(1.08MB)
----03_blood_cell_PBMC_example.html(1.1MB)
----datafiles()
--------my_data_files()
--------scRNA-seq()
--------MCBead()
--------PBMC()
--------MiMB()
--------cGVHD()
----figures()
--------Gandelman-et-al-Haematologica-2019-Fig-1.png.jpg(92KB)
--------Roussel-et-al-MiMB-2019-Fig-1.jpg(2.84MB)
--------Diggins-et-al-Nature-Methods-2017-MEM-Fig-1.png.jpg(495KB)
----LICENSE.MD(12KB)
----03_blood_cell_PBMC_example.Rmd(8KB)
----05_scRNA-seq_example.Rmd(9KB)
----04_try_your_data.Rmd(8KB)
----MEM README.txt(363B)
----DESCRIPTION(1KB)
----MEM.Rproj(303B)