文件名称：matlab代码影响-NBS2.0:NBS2.0
文件大小：49KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-11 01:55:00
系统开源
matlab代码影响基于网络的肿瘤突变分层（NBS2.0） 关于 该目录包含以下论文的代码和资源： “差异性变异网络揭示了癌症异质性的复杂机制”。 正在审查中。 NBS2.0是基于网络的肿瘤分层算法。 它需要一个体细胞突变谱作为输入。 然后通过整合具有这种体细胞突变特征的分子网络使肿瘤聚集。 默认网络是最近发布的PPI网络（引用：inbioMap）。 该软件还支持用户网络。 我们的实验结果基于TCGA数据。 可以在此处获得经过预处理的TCGA体细胞突变谱的集合（TODO：我应该将这些数据放在哪里？保管箱？） 如果您在使用此软件时遇到问题，请联系Sheng Wang。 模型概述 我们引入NBS2算法来解决基于网络的患者分层中经常突变的基因的污染。 我们减轻频繁突变基因的噪音的解决方案仅使用选择性关键基因相互作用，而不是网络传播中的所有人类基因相互作用。 步骤1.构建一个小的限制性基因网络 简而言之，我们根据它们在癌症中的互斥模式选择基因相互作用，因为这些基因最有可能在癌症发展中进化。 由于频繁突变的基因不太可能与其邻居表现出互斥的模式，因此我们的方法丢弃了它们之间的相互作用，从而减少了频
【文件预览】：
NBS2.0-master
----src()
--------main.m(2KB)
--------clustering()
--------read_data()
--------evaluating_survival()
--------propogation()
----README.md(4KB)
----MBS()
--------main.m(4KB)
--------test_random_network.m(4KB)
--------write_subtype_size_assignment.m(5KB)
--------get_shuffle_network.m(2KB)
--------ME_based_subnetwork_identification.m(16KB)
--------enumerate_subnetwork.m(10KB)
--------identify_subnetwork.m(12KB)
--------create_simulated_data_flowchart.m(3KB)
--------compare_hotnet2_stratification.m(2KB)
--------MBS_read_data.m(4KB)
--------our_NBS_cluster_consensus.m(11KB)
--------calculate_ME_pvalue_for_network.m(4KB)
--------aggregate_cluster_consensus.m(1KB)
--------parameter_sensitivity.m(2KB)
--------MBS_read_ME_network.m(1KB)
--------check_clinical_variable.m(4KB)
--------compare_different_networks.m(4KB)
--------calculate_ME_pvalue.m(4KB)
--------ME_based_subnetwork_identification.asv(16KB)