drep:基因组的快速比较和去复制

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文件名称：drep:基因组的快速比较和去复制
文件大小：28.7MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-05 01:38:20
bioinformatics assembly metagenomics microbiology microbial-genomes 复制 dRep是用于快速比较大量基因组的python程序。 dRep还可以通过识别高度相似的基因组并为每个基因组选择最佳的代表性基因组来“去复制”一个基因组。 提供了手册，安装说明和API。 可在获得 开源预印本可在 用pip安装 $ pip install drep 快速开始 基因组比较： $ dRep compare output_directory -g path/to/genomes/*.fasta 基因组重复复制： $ dRep dereplicate outout_directory -g path/to/genomes/*.fasta 确保依赖项已正确安装： $ dRep check_dependencies 依存关系 必需的 以成对的方式快速比较所有基因组 用于在基因组之间执行更比较，这与Mash相似 可选的 CheckM用于确定基因组的污染和完整性（在重复复制