文件名称：matlabhill代码-CUBES:CUBES代表密码子使用偏倚进化脚本
文件大小：199KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 21:55:50
系统开源
Matlab Hill代码立方体 密码子使用偏向进化脚本是一个旨在研究密码子偏向的进化特征的软件包。 为此，必须首先使用例如或软件获得一组渐进祖先核心基因组。 核心基因组集（例如C1-> Cn）是通过依次整合更远相关的基因组（遵循家族/属的系统发育）来构建的。 接下来，将这些Cn基因集用于计算模态密码子使用频率（每个组），相对同义密码子使用（RSCU，每个基因），并进行对应分析。 另外，提供了用于分析密码子偏倚的进化特征的工具。 CUBES是由一组bash和perl脚本构成的管道，可用于： 使用来计算一组基因的模态密码子使用频率（例如，从获得的核心基因组中） 生成代表模态频率的代表性DNA序列（因为密码子使用分析将使用需要编码序列的codonW进行） 用VB计算RSCU的对应分析。 在这一点上，管道生成了COA的前2个成分的图，包括基因和密码子，包括核心基因组，单例和推定高度表达的蛋白质的模态序列。 此外，提供了仅使用R软件来计算RSCU的CA和原始密码子数的脚本。 使用RGF（即每种氨基酸的tRNA基因的相对含量）和核心基因组之间的进化距离（可从Edgar软件获得）计算适应指数s-t