文件名称：matlab集成c代码-Skyline-plots:使用贝叶斯合并天际线和出生死亡天际线图推断过去的人口动态
文件大小：8.13MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-10 21:39:55
系统开源
Matlab集成的c代码 作者 等级 标题 字幕 野兽版 追踪版本 尼古拉·穆勒（NicolaF.Müller），路易斯·普莱西（Louis du Plessis） 初学者 天际线图 使用贝叶斯合并天际线和出生死亡天际线图推断过去的人口动态。 2.5.x 1.7.x 背景 种群动态影响树的形状，因此，树的形状包含有关过去种群动态的一些信息。 所谓的天际线方法允许以非参数方式从系统发育树中提取此信息。 它是非参数的，因为没有底层的微分方程组来控制这些动力学的推论。 在本教程中，我们将研究两种不同的方法来从序列数据推断这些动力学。 第一个是基于合并模型的合并贝叶斯天际线图{％cite Drummond2005 --file Skyline-plots / master-refs％}，第二个是出生-死亡天际线图{％cite Stadler2013- -文件Skyline-plots / master-refs％}基于出生-死亡模型。 合并和出生死亡方法之间的概念差异在于时间流的方向。 在合并中，时间被建模为从现在到过去的倒退，而在出生死亡方法中，模型被建模为前进。 其他两个基本区别是推断的参
【文件预览】：
Skyline-plots-master
----.gitignore(80B)
----README.md(46KB)
----xml()
--------hcv_coal.xml(43KB)
--------hcv_coal_30M.xml(43KB)
--------hcv_bdsky_30M.xml(46KB)
--------README.mdown(115B)
--------hcv_bdsky.xml(46KB)
----biblatex_macros.tex(6KB)
----LICENSE(18KB)
----main.tex(49KB)
----figures()
--------open_trees.png(98KB)
--------bdsky_output_pretty.png(50KB)
--------set_clockrate.png(79KB)
--------bsp_tracer.png(145KB)
--------Estimated_number_hcv.png(35KB)
--------ess_vs_dim_coal-eps-converted-to.pdf(7KB)
--------comparison_dimension.png(98KB)
--------bdsky_prior_r0.png(124KB)
--------bdsky_prior_uninf.png(130KB)
--------bdsky_hpds.png(17KB)
--------package_manager.png(71KB)
--------ess_vs_dim_coal.png(99KB)
--------set_dimension.png(165KB)
--------coalescent_intervals.png(41KB)
--------ccby.pdf(4KB)
--------coalescent_intervals.pdf(6KB)
--------find_log_file.png(133KB)
--------bdsky_prior_ori.png(132KB)
--------bdsky_prior_rho.png(128KB)
--------choose_bsp.png(189KB)
--------bdsky_model.png(17KB)
--------install_bdsky.png(93KB)
--------open_SkylineAnalysis.png(62KB)
--------choose_gtr.png(169KB)
--------comparison_dimension.pdf(10KB)
--------beast_input_run1.png(282KB)
--------bdsky_smooth.png(31KB)
--------bdsky_intervals5.png(15KB)
--------goto_initialization.png(87KB)
--------skyline_analysis.png(49KB)
--------bdsky_intervals.png(67KB)
--------ess_vs_dim_coal.pdf(7KB)
--------comparison_dimension.eps(27KB)
--------Rosenberg2002.png(130KB)
--------bdsky_tracer.png(189KB)
--------ess_vs_dim_coal.eps(16KB)
--------choose_bdsky.png(226KB)
--------README.mdown(180B)
--------import_alignment.png(68KB)
--------bdsky_traces.png(199KB)
--------comparison_dimension-eps-converted-to.pdf(10KB)
--------save_data.png(61KB)
--------bdsky_intervals.pdf(6KB)
--------choose_dimension_bdsky.png(102KB)
--------bd_model.png(24KB)
----scripts()
--------Logfile_Utilities.R(6KB)
--------Skyline_Example.R(4KB)
--------Figure_Utilities.R(2KB)
--------README.mdown(227B)
--------SkylinePlot.R(7KB)
----master-refs.bib(19KB)
----data()
--------hcv.nexus(27KB)
--------README.mdown(149B)
----preamble.tex(6KB)
----precooked_runs()
--------hcv_coal.hcv.trees(2.48MB)
--------hcv_coal_30M.log(400KB)
--------hcv_coal.tsv(9KB)
--------hcv_bdsky.hcv.trees(2.48MB)
--------hcv_bdsky_30M.log(563KB)
--------README.mdown(248B)
--------hcv_bdsky.log(562KB)
--------hcv_coal.log(398KB)
--------hcv_bdsky_30M.hcv.trees(2.48MB)
--------hcv_coal_30M.hcv.trees(2.48MB)