文件名称：vcf2snpduo:用于将有效的多样本 VCF 文件转换为 SNPduo 兼容格式的简单 Python 脚本
文件大小：15KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-07 03:46:07
Python
vcf2snpduo 用于将有效的多样本 VCF 文件转换为 SNPduo 兼容格式的简单 Python 脚本。 描述 基于 Web 的工具能够生成逐州身份图以及制表 IBS 州计数。 但是，它旨在分析 SNP 阵列数据。 包含的脚本代表了一种将多样本 VCF 转换为 SNPduo 可读格式的简单方法。 数据输出到 stdout，日志消息到 stderr。 基本用法 运行示例 按广告过滤 python vcf2snpduo.py --minDepth 20 --minSampleCount 4 myInput.vcf 1> custom_duo_format.csv 2> duo.log 按 DP 过滤 python vcf2snpduo.py --minDepth 20 --minSampleCount 4 --filterDP myInput.vcf 1> custom_duo
【文件预览】：
vcf2snpduo-master
----vcf2snpduo.py(5KB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(2KB)