文件名称：matlab模拟poisson过程源码-pygbe:PyGBe：静电的Python，GPU和边界元素
文件大小：1.5MB
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更新时间：2024-06-08 13:32:54
系统开源
matlab模拟poisson过程原始码PyGBe：用于静电的Python和GPU边界积分求解器 PyGBe（发音为Pigbē）是一个Python库，该方法将边界积分方法应用于生物分子静电和纳米粒子等离子体。 PyGBe同时实现算法和硬件加速。 对于N个未知数，求解算法使用树码将GMRES求解器的每次迭代加速到O（N logN）。 它使用树代码中的CUDA内核，在与PyCUDA进行接口的情况下，在代码中计算量最大的部分上利用NVIDIA GPU硬件。 代码的某些部分用C ++编写，并使用SWIG进行包装。 生物分子静电： 在此应用中，PyGBe使用连续静电来计算具有任意数量介电区的蛋白质的溶剂化能。 遵循Yoon和Lenhoff（1990）的数学公式，以积分形式求解了模型的Poisson-Boltzmann方程。 局部表面等离子体共振： PyGBe还使用静电来计算比入射波长小得多的散射体的消光截面。 例如，这与模拟纳米粒子的局部表面等离子体共振有关，其中准静态近似有效（，）。 文献资料 有关详细文档，请访问： 安装 定期安装 以下说明假定操作系统为Ubuntu。 在您Linux风格中运