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文件名称：matlab模拟poisson过程源码-pygbe:PyGBe：静电的Python，GPU和边界元素
文件大小：1.5MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-19 19:46:14
系统开源
matlab模拟poisson过程原始码PyGBe：用于静电的Python和GPU边界积分求解器
PyGBe（发音为Pigbē）是一个Python库，该方法将边界积分方法应用于生物分子静电和纳米粒子等离子体。
PyGBe同时实现算法和硬件加速。
对于N个未知数，求解算法使用树码将GMRES求解器的每次迭代加速到O（N
logN）。
它使用树代码中的CUDA内核，在与PyCUDA进行接口的情况下，在代码中计算量最大的部分上利用NVIDIA
GPU硬件。
代码的某些部分用C
++编写，并使用SWIG进行包装。
生物分子静电：
在此应用中，PyGBe使用连续静电来计算具有任意数量介电区的蛋白质的溶剂化能。
遵循Yoon和Lenhoff（1990）的数学公式，以积分形式求解了模型的Poisson-Boltzmann方程。
局部表面等离子体共振：
PyGBe还使用静电来计算比入射波长小得多的散射体的消光截面。
例如，这与模拟纳米粒子的局部表面等离子体共振有关，其中准静态近似有效（，）。
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