文件名称：FCS_Database:抓取 FCS 元数据目录的程序
文件大小：14.89MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-28 05:27:55
Python
流肛门 用于分析流式细胞术 .fcs 文件的程序 开发设置 开发/venv.sh 加载 HP 数据库元信息（示例） FCS_Database-env/bin/activate # 更新版本 python setup.py -h # 制作 .fcs 文件列表 ./flowanal.py -v make_FCS_file_list /home/local/AMC/ngdavid/clinical_cHL_cases/ [-n 30] # 制作FCS db ./flowanal.py make_FCSmeta_db /home/local/AMC/ngdavid/clinical_cHL_cases/ # 从存档卷制作 FCS db python flowanal.py make_FCSmeta_db '/mnt/hgfs/archive/' --ex 'archive2' 'Dupl
【文件预览】：
FCS_Database-master
----requirements-pgres.txt(117B)
----README.rst(1KB)
----testone(591B)
----testall(159B)
----requirements.txt(252B)
----doc()
--------README.rst(32B)
----LICENSE(34KB)
----setup.py(2KB)
----testfiles()
--------12-00005_Bone Marrow WBC.fcs(5.72MB)
--------fcs_data.pkl(5.27MB)
--------test_coordinates.pkl(1KB)
--------12-00031_Myeloid 1.fcs(9.19MB)
--------header_info.pkl(772B)
--------custom_case_data.txt(129B)
--------GatingTubeStats.pkl(689B)
--------2d_test_histogram.pkl(1.68MB)
--------PmtStats.pkl(2KB)
--------test_histogram.pkl(1.21MB)
--------comp_correlation.pkl(3KB)
--------histos.pkl(13KB)
--------TubeStats.pkl(689B)
--------parameter_info.pkl(2KB)
----FlowAnal()
--------CustomData.py(908B)
--------exceptions.py(126B)
--------MergedFeatures_IO.py(6KB)
--------database()
--------Feature_Analysis.py(2KB)
--------Find_Plate_FCS_Files.py(1KB)
--------scripts()
--------utils.py(2KB)
--------FCS.py(8KB)
--------__init__.py(922B)
--------Inference_matching.py(10KB)
--------analysis_scripts()
--------FlowQC.py(2KB)
--------Analysis_Variables.py(1KB)
--------__main__.py(115B)
--------FCS_subroutines()
--------data()
--------Find_Clinical_FCS_Files.py(4KB)
--------Feature_IO.py(11KB)
--------HDF5_subroutines()
--------subcommands()
----tests()
--------test_FeatureIO.py(2KB)
--------test_FCS.py(13KB)
--------__init__.py(2KB)
--------test_database.py(4KB)
--------test_ML_input_IO.py(2KB)
----.gitignore(778B)
----flowanal.py(134B)
----dev()
--------README.rst(47B)
--------test_make_metadb.sh(993B)
--------test_run.sh(761B)
--------qc_viz.org(17KB)
--------prototype_production_run.sh(884B)
--------test_make_statsdb.sh(628B)
--------test_run_custom2.sh(2KB)
--------test_run_custom.sh(1KB)
--------venv.sh(5KB)