文件名称：nmf的matlab代码-nmfroi:即将推出
文件大小：1.27MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 10:42:36
系统开源
nmf的matlab代码基于NMF的电压成像数据集分割 如Piatkevich等人2017年所见（即将发布出版物链接）。 这是使用荧光电压传感器进行实验的一种计算工具。 输入是具有可忽略的运动伪影的时间序列图像堆栈。 这种用于识别ROI的计算方法是通过每个像素迹线的功率谱密度上的等级2非负矩阵分解（NMF）将像素分类为噪声或信号。 所有像素的信号或噪声分类均基于专家选择与透明Archon2信号相对应的单个示例像素的基础。 （e）中以红色显示的是通过NMF算法确定为Archon2信号并通过连接的组件聚集成到ROI中的像素（排除了少于6个像素的ROI，有关分析和MATLAB代码的详细信息，请参见在线方法），并覆盖在荧光图像上。 在extractROISandTraces.m ，将原始数据加载并分割为感兴趣的区域（ROI），从而生成如上图（e）所示的蒙版。 不同ROI之间的空间分析是在analysis_spatial.m完成的，并产生了每个ROI的平均荧光迹线对之间计算出的Pearson相关系数，例如（g）中所示的那些，通过画出正相关的绿线和橙色线来可视化为负相关。 对于痕迹的时间分析，即（
【文件预览】：
nmfroi-master
----analysis_temporal.mlx(1.09MB)
----uncompressMaskedData.m(398B)
----utils()
--------sort_nat.m(3KB)
--------load3DTif_uint16.m(77B)
--------save3DTif_uint16.m(428B)
--------loadTifSequence.m(957B)
--------read_file.m(3KB)
----analysis_spatial.m(9KB)
----extractROIsAndTraces.m(9KB)
----analysis_temporal.m(18KB)
----README.md(2KB)
----suppfig19.png(172KB)
----.gitignore(35B)
----compressDataWithMask.m(385B)
----getSpikes.m(717B)