文件名称：mycosnp-bwa-reference：此工作流程使用BWA为MycoSNP工作流程准备参考索引
文件大小：26KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-14 18:17:55
MycoSNP GeneFlow工作流程：BWA参考 概述 MycoSNP包括以下三个GeneFlow工作流程集： MycoSNP BWA参考：通过屏蔽参考中的重复并生成BWA索引，为BWA对齐和GATK变体调用准备参考FASTA文件。 MycoSNP BWA预处理：通过将样本与BWA参考索引对齐并确保正确格式化BAM文件，为GATK变体调用准备样本（配对末端FASTQ文件）。 MycoSNP GATK变体：调用变体并生成一个多FASTA文件。 该存储库包含MycoSNP BWA参考工作流程，该工作流程包含三个步骤： 使用MUMmer 3.23和BEDTools 2.29.2在参考FASTA文件中重复掩码。 分别使用SAMTools 1.10和Picard 2.22.9创建FASTA索引（.fai）和字典（.dict）。 使用BWA 0.7.17创建BWA索引。 要求 要运行
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