文件名称：RIDDLE:通过深度学习从疾病史中得出种族和种族归因
文件大小：12.18MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 16:29:24
machine-learning bioinformatics deep-learning biology computational-biology
RIDDLE（从d [R王牌和种族我mputation isease历史与d EEP LE arning）是一个开源Python2库使用深度学习归咎于种族和匿名电子病历（EMR的）种族的信息。 RIDDLE提供以下功能：（1）建立用于根据临床特征估算种族和种族的模型，以及（2）解释经过训练的模型，以描述特定特征如何有助于预测。 RIDDLE库实现了 （PLOS计算生物学，2018年）中引入的方法。 与其他方法（例如scikit-learn / Python，glm / R）相比，RIDDLE旨在以高性能的方式处理大型和高维数据集。 RIDDLE通过在并行的TensorFlow / Theano后端上运行来有效地训练模型，并通过与批处理训练相结合的预处理数据来避免内存溢出。 RIDDLE使用指定和培养潜在的深层神经网络， 来计算功能与班级贡献分数。 当前的RIDDLE Python模块可
【文件预览】：
RIDDLE-master
----setup.py(2KB)
----.gitignore(2KB)
----requirements.txt(78B)
----_data()
--------phewas_codes.txt(2.25MB)
--------README.md(928B)
--------dummy.txt(2.27MB)
----.travis.yml(803B)
----LICENSE(11KB)
----setup.cfg(39B)
----interpret_riddle.py(10KB)
----.gitmodules(86B)
----other_clf.py(10KB)
----utils.py(13KB)
----README.md(4KB)
----tests()
--------riddle()
----deeplift()
----pytest.ini(54B)
----NOTICE(954B)
----parameter_search.py(12KB)
----riddle()
--------tuning.py(9KB)
--------feature_importance.py(18KB)
--------__init__.py(431B)
--------summary.py(964B)
--------models()
--------ordering.py(12KB)
--------frequency.py(2KB)
--------emr.py(11KB)
--------roc.py(5KB)
----riddle.py(10KB)