imsig:用于分析实体瘤微环境的免疫细胞基因特征

时间:2024-06-18 04:09:36
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文件名称:imsig:用于分析实体瘤微环境的免疫细胞基因特征

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更新时间:2024-06-18 04:09:36

cancer transcriptomics deconvolution immune R

imsig :用于分析实体瘤微环境的免疫细胞基因特征 ImSig是一组基因特征,可用于估计组织转录组学数据中免疫细胞的相对丰度,尤其是在癌症数据集中。 ImSig分析背后的基本原理是,对于存在于数据集中的给定免疫细胞类型,仅表达特征基因是不够的,还需要共表达。 ImSig基因被设计为在组织转录组数据*表达,因此未能在用户的数据集*表达可能表明它不存在。 一旦用户确定了其数据集中存在的细胞类型,他们就可以计算其相对丰度并使用此程序包进行生存分析。 引文 用于分析实体瘤微环境的免疫细胞基因特征Ajit J. Nirmal、Tim Regan、Barbara B. Shih、David A. Hume、Andrew H. Sims 和 Tom C. Freeman 2018 年 11 月 1 日 (6) (11) 1388-1400; DOI:10.1158/2326-6066.CIR-1


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imsig-master
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----NAMESPACE(402B)
----R()
--------plot_network.R(3KB)
--------sig.R(185B)
--------pp_sig.R(693B)
--------imsig_survival.R(3KB)
--------gene_stat.R(3KB)
--------corr_matrix.R(1KB)
--------plot_survival.R(3KB)
--------plot_abundance.R(2KB)
--------feature_select.R(2KB)
--------pp_exp.R(713B)
--------imsig.R(2KB)
--------example_data.R(455B)
--------example_cli.R(381B)
----data()
--------example_cli.rda(486B)
--------sig.rda(4KB)
--------example_data.rda(242KB)
----.Rbuildignore(28B)
----.DS_Store(6KB)
----man()
--------imsig.Rd(2KB)
--------gene_stat.Rd(2KB)
--------example_data.Rd(555B)
--------sig.Rd(267B)
--------plot_survival.Rd(2KB)
--------plot_network.Rd(2KB)
--------imsig_survival.Rd(2KB)
--------pp_exp.Rd(644B)
--------feature_select.Rd(2KB)
--------pp_sig.Rd(624B)
--------example_cli.Rd(479B)
--------plot_abundance.Rd(1KB)
--------corr_matrix.Rd(1KB)
----imsig.Rproj(433B)
----README.md(6KB)
----tests()
--------testthat.R(54B)
--------testthat()
----DESCRIPTION(665B)

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