文件名称：MinorityReport:因果遗传变异的广义分析软件
文件大小：2.25MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-06 07:34:49
Python
少数派报告 杰里米·霍斯特（Jeremy A. Horst）编写的用于对因果变异进行广义分析的软件 MinorityReport.py是一个python脚本，旨在通过比较与相同参考基因组对齐的基因组测序读数来发现亲子二元组或菌株对中的遗传差异。 该程序分别提取基因组FASTA文件，GFF3格式的相应基因模型以及父级和子级SAM文件。 FASTQ文件应进行质量过滤，使用BowTie2等工具将其与参考基因组对齐，并以SAM格式输出。 脚本MinorityReport-MASTER.py用于将该任务划分到计算机上的处理器之间，基因组中的每个染色体一个。 这极大地加速了该过程，但是每个染色体需要一个处理器。 用法：MinorityReport.py 例如：./MinorityReport.py物种.fna物种.gff物种-bug1.bowtie2.sam物种-bug2.bowtie2.sa
【文件预览】：
MinorityReport-master
----MinorityReport-MASTER.py(9KB)
----test-readme.txt(2KB)
----MinorityReport-ManhattanPlot.r(4KB)
----Examples()
--------Fig4.IspD_L244I-AllTold.pdf(1.01MB)
--------Fig1.MinorityReport-ExperimentalScheme-20160329.pdf(28KB)
--------Fig3.ATPase4_P412T-AllTold.pdf(1.06MB)
--------Fig2.MinorityReport-FlowChart-20160329.pdf(32KB)
--------Table.MinorityReport-TextOutput-20160329.pdf(35KB)
--------Fig5.DHODH-parent-IDX5-AllTold.pdf(582KB)
----README.md(6KB)
----MinorityReport.py(58KB)