【文件属性】：
文件名称：VAULT:使用UMI进行长期阅读技术的变异分析（VAULT）
文件大小：1.66MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-17 15:34:32
Python
瓦特
使用UMI进行长期阅读技术的变异分析（VAULT）
VAULT是一种用于分析标记有UMI的读取的工具，适用于容易出错的长读取和准确的单端/配对端短读取。
更多详细信息：
安装
先决条件
Anaconda（ ）或Miniconda（ ）。 例如，用户可以下载并安装以下Anaconda3软件包：
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh
下载VAULT软件包
git clone https://github.com/milesjor/VAULT.git
cd ./VAULT/
安装所有必需的模块
conda env create --name vault --file ./tools/vault_e
【文件预览】：
VAULT-master
----.gitignore(43B)
----vault(222B)
----__init__.py(0B)
----arguments.py(10KB)
----LICENSE(34KB)
----.DS_Store(10KB)
----check_umi.sh(6KB)
----tools()
--------vaf_calculator.py(6KB)
--------__init__.py(147B)
--------extract_mapped_reads.py(5KB)
--------snv_location.py(2KB)
--------read_length_filter.py(1KB)
--------vault_env.yaml(198B)
--------filter_sv.py(2KB)
--------pS_pN_count.py(4KB)
--------vcf_to_matrix.py(2KB)
--------.DS_Store(6KB)
--------vertebrate_mitochondrial_code.txt(395B)
--------change_VCF_pos.py(4KB)
--------draw_circos.py(18KB)
--------umi_group_filter.py(7KB)
--------call_consensus.py(9KB)
----vault_main.py(24KB)
----README.md(11KB)
----example()
--------reference.fa.fai(32B)
--------reference.fa(7KB)
--------nanopore_reads.fastq.gz(1.16MB)
--------pic()
----variants_calling.py(5KB)
----_version.py(28B)
----.gitattributes(66B)