文件名称：Opossum:Opossum是在变体检出之前对RNA-seq读数进行预处理的工具
文件大小：33KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-22 17:24:48
Python
负鼠自述文件 1.要求 Opossum需要Python 2.7或更高版本。 尚未在Python 3.X系列上进行过测试。 它还需要以下Python软件包：pysam v0.10.0，itertools，argparse，os和sys。 2.运行负鼠 Opossum是在变体检出之前对RNA-seq读数进行预处理的工具。 当前，变体呼叫者通常在涉及内含子区域的阅读中表现不佳。 负鼠将读数分开，以除去内含子部分。 同时，它执行多种质量控制措施，例如丢弃二级比对，错误映射的读段和两个读段朝外或指向同一方向或已映射到不同染色体的读对。 Opossum还会根据读取对的开始和结束位置丢弃重复的读取。 此外，它合并了重叠的成对末端读段。 负鼠专门设计用于鸭嘴兽，但它可以与其他变体呼叫者（例如GATK）同等使用。 负鼠可以如下运行： python Opossum.py --BamFile=input
【文件预览】：
Opossum-master
----compute_mismatch_rates.py(5KB)
----LICENSE(34KB)
----Opossum.py(65KB)
----README.md(6KB)
----plot_mismatch_rates.py(3KB)