文件名称：去噪代码matlab-tangent:切线
文件大小：44.84MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-16 01:46:19
系统开源
去噪声代码matlab 切线 该存储库包含用于运行切线副本编号推断管道的代码。 （稿件提交） 我们还提供了伪切线选项，它是切线管道的一种修改形式，当只有少量正常样本时，可以通过比较肿瘤图谱进行去噪。 跑步： 系统要求： Docker桌面：（无论桌面社区还是桌面企业都可以正常工作） 由于Tangent构建为可在Docker容器中运行，因此该容器应包含所有其他相关要求和软件包。 1.将此存储库克隆/下载到本地驱动器： 如果您不熟悉GitHub，请查看以下有关如何克隆Github存储库的文章： 如果您选择下载此存储库而不是使用“下载ZIP”按钮来克隆它，请注意，文件./matlab_2010b/MCRInstaller.bin不会完全下载到ZIP文件中。 MCRInstaller.bin文件由于文件大而目前托管在Git LFS而非GitHub上。 这似乎是托管在Git LFS（）上的文件的已知问题。 一种解决方法是直接通过此页面上的“下载”按钮下载此文件： 最重要的是，请确保您的./matlab_2010b/MCRInstaller.bin本地副本的文件大小为221MB（而不是134个字节）
【文件预览】：
tangent-master
----wrapper_overall.sh(7KB)
----Dockerfile(2KB)
----LICENSE(1KB)
----matlab_2010b()
--------unzip(120KB)
--------MCRInstaller.bin(134B)
--------extractCTF(11KB)
--------genericmain(69KB)
----sampledata()
--------mysif.txt(48B)
--------mydata.DOC_interval.avg_cvg.txt(133B)
----README.md(7KB)
----lib()
--------CNV.hg19.bypos.111213.txt(350KB)
--------genome.info.6.0_hg18.na30_minus_frequent_nan_probes_sorted.txt(41.49MB)
--------normal.blacklist.txt(6B)
--------genome.info.6.0_hg19.na31_minus_frequent_nan_probes_sorted.txt(41.5MB)
----modules()
--------generate_reference_plane(14.62MB)
--------check_suspect_normals_length.R(2KB)
--------cat_tangent_outputs.sh(1KB)
--------wrapper_PseudoTangent.sh(7KB)
--------run_cbs.R(4KB)
--------generatePseudonormals.py(8KB)
--------run_tangent.sh(1KB)
--------tangent(332KB)
--------wrapper_genRefPlane.sh(5KB)
--------wrapper_tangent_exome.sh(11KB)
--------tblcat(64B)
--------.RData(4.78MB)
--------.Rproj.user()
--------run_generate_reference_plane.sh(1KB)
--------checkNSplit.R(1KB)
--------stripLocation.R(1KB)
--------.Rhistory(10KB)
--------wrapper_cbs_in_parallel.R(2KB)
--------liftOver.R(3KB)
--------readme.txt(4KB)
----.gitattributes(121B)