文件名称：neat-genreads:NEAT读取模拟工具
文件大小：37.38MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-24 12:35:37
Python
NEAT项目v3.0 欢迎使用NEAT项目，即NExt代测序分析工具包，版本3.0。 NEAT现在已经更新到Python 3，并且正朝着符合PEP8标准的方向发展。 还有很多工作要做。 请参阅以获取注释。 注意：此项目的未来开发将在NCSA项目空间中进行。 新的仓库可以在这里找到： : 。 请将以后的问题和功能请求定向到该存储库。 在接下来的几周内，请继续关注NEAT的令人兴奋的更新，并学习如何自己的。 如果您想使用我们的一些代码，没问题！ 只需首先检查。 NEAT的gen_reads.py是主程序，它是一个细粒度的读取模拟器。 它使用从特定数据集中学习的模型模拟真实外观的数据。 有几个支持实用程序，用于生成用于仿真的模型，以及将比对和变异调用者的输出与NEAT生成的黄金BAM和黄金VCF进行比较。 这是该软件的正在进行中的v3.0。 2.1版是用Python 2编码的，并且
【文件预览】：
neat-genreads-master
----.gitignore(69B)
----bacterial_genreads_wrapper.py(10KB)
----requirements.txt(101B)
----LICENSE.md(3KB)
----CONTRIBUTING.md(2KB)
----CODE_OF_CONDUCT.md(3KB)
----models()
--------MutModel_CLLE-ES_ICGC.p(928KB)
--------gcBias_toy.p(585B)
--------errorModel_pacbio_toy.p(426B)
--------errorModel_toy.p(3.13MB)
--------MutModel_NA12878_noIndel.p(7KB)
--------fraglenModel_toy.p(9KB)
--------README.md(1KB)
--------MutModel_SKCM-US_ICGC.p(448KB)
--------MutModel_BRCA_US_ICGC.p(189KB)
--------gcBias_uniform.p(585B)
--------MutModel_NA12878.p.gz(37.71MB)
--------genReadsTumorTutorial.zip(129KB)
----.github()
--------ISSUE_TEMPLATE()
----README.md(15KB)
----utilities()
--------plotMutModel.py(10KB)
--------gen_mut_model.py(22KB)
--------__init__.py(0B)
--------validateBam.py(2KB)
--------repickle.py(437B)
--------generate_random_dna.py(670B)
--------compute_fraglen.py(7KB)
--------README.md(4KB)
--------genSeqErrorModel.py(12KB)
--------vcf_compare_OLD.py(28KB)
--------compute_gc.py(6KB)
--------validateFQ.py(2KB)
----source()
--------output_file_writer.py(14KB)
--------__init__.py(119B)
--------input_checking.py(2KB)
--------probability.py(6KB)
--------ref_func.py(9KB)
--------vcf_func.py(8KB)
--------SequenceContainer.py(54KB)
--------test_write.py(3KB)
--------neat_cigar.py(2KB)
----.gitattributes(28B)
----docs()
--------PE_SE_reads.png(56KB)
--------NEATNEAT.png(34KB)
----ChangeLog.md(2KB)
----gen_reads.py(47KB)